С храмовым комплексом у Латинских ворот была связана легенда о мученичестве Иоанна Богослова в Риме, известная по сообщению Тертуллиана и вошедшая затем в агиографическую традицию апостола. Наиболее раннее упоминание об особом римском празднестве в честь Иоанна Богослова под 6 мая содержится в Сакраментарии конца VIII в. из Санкт-Галлена, который является вариантом Сакраментария Геласия. Луи Мари Оливье Дюшен связывал установление этого праздника, а также «мессу святого Иоанна, апостола и евангелиста», обозначенную в Готском миссале (Missale Gothicum) в начале мая, с влиянием эфесского праздника чуда от гробницы Иоанна Богослова, отмечавшегося 8 мая. По мнению исследователя, римский праздник был первоначально установлен в честь освящения церкви святого Иоанна у Латинских ворот. Не позднее второй половины IX в. возникла легенда, связывавшая установление праздника 6 мая с мученичеством Иоанна Богослова в Риме, которое якобы произошло у Латинских ворот. Эта легенда зафиксирована в так называемом Малом Римском Мартирологе и в Мартирологе Адона Вьеннского (в последнем приведён развёрнутый рассказ о мученичестве апостола и последующей ссылке на Патмос). Память Иоанна Богослова под 6 мая была упразднена в 1960 г. К VII в. исследователи относят сведения о наименовании Латеранской базилики, вероятно, первоначально посвящённой Спасителю (basilica Salvatoris), в честь Иоанна Богослова. В Зальцбургском перечне римских церквей (первая половина VII в.) указана «базилика Константина, она же Спасителя, она же называется и святого Иоанна». В современном событиям сказании о низложении и ссылке исповедника Мартина I (649–655 гг.) сообщается о том, что папа был арестован византийскими властями в соборной церкви святого Иоанна, т.е. в Латеранской базилике. В Айнзидельнском итинерарии (VIII в.) указана церковь святого Иоанна на Латеране. В «Liber Pontificalis» наименование Латеранской базилики во имя Иоанна Богослова впервые упоминается в сообщении о перестройке храма при папе Сергии III (904–911 гг.), однако эта запись была составлена намного позднее. Впоследствии базилика устойчиво именовалась церковью святого Иоанна. Рихард Краутхаймер предполагал «народное» происхождение наименования храма во имя Иоанна Богослова, которое затем приобрело официальный характер. Отчасти исследователи это объясняют наличием в Латеранской базилике реликвий Иоанна Богослова и Иоанна Крестителя. Диакон Иоанн в сочинении «О Латеранской церкви», адресованном папе Александру III (1159–1181 гг.), называл храм базиликой Спасителя, однако свидетельствовал об особом почитании в нём Иоанна Богослова и Иоанна Крестителя. В базилике хранились реликвии этих святых, в том числе ампула с «манной» от гробницы Иоанна Богослова и чудотворная туника апостола. На главном алтаре находились изображения Христа, Богоматери, апостолов Петра и Павла, Иоанна Богослова и Иоанна Крестителя. В позднейшее время среди основных святынь базилики были цепи, в которых Иоанн Богослов был доставлен в Рим, и чаша, из которой он пил яд. С XII в. почитание Иоанна Богослова получило особое распространение в конгрегациях регулярных каноников (августинцы-каноники, премонстранты). В начале XII в. благодаря деятельности августинцев-каноников почитание Иоанна Богослова усилилось в Англии, королева Матильда объявила его своим покровителем и подарила монастырю святого Петра в Вестминстере (Лондон) частицу его гроба.