Большинство действующих лиц росписи одеты в костюмы горожан XVII в.: высокие сапоги, рубахи, подпоясанные кушаком, и пёстрые порты из цветной набойки. На библейских царях надеты кафтаны и шубы времён царя Алексея Михайловича. Исследователи отмечают, что в украшении алтаря художники проявили гораздо больше сдержанности, придав его живописи строгую репрезентативность. В конхе алтарной апсиды изображена литургическая сцена «Великий вход» («Да молчит всякая плоть человеча»). В апсиде – торжественная композиция из 15 больших фронтальных фигур вселенских патриархов. Над алтарным окном – поясное изображение «Христос Архиерей». На западной стене композиции – «Явление неопалимой купины Моисею», «Спас на убрусе» с надписью на греческом языке и «Явление серафима пророку Исайе». В конхе жертвенника сцена «Христос в потире», символизирующая причастие, над конхой – «Предста царица». На северной стене жертвенника – «Страсти Христовы». В апсиде – архидиаконы и поминальная надпись с 28 именами представителей рода Скрипиных. На западной стене композиции – «Преломление хлеба» и «Шествие в Эммаус». В диаконнике, в приделе Варлаама Хутынского, в 15 клеймах на стенах иллюстрировано его житие. В алтарной конхе литургическая сцена «Малый вход» («Ныне силы небесные невидимо служат»), в апсиде изображения новгородских и московских чудотворцев, на алтарной преграде композиция «Преломление хлеба апостолом Петром». В приделе праведников Гурия, Самона и Авива над фамильной усыпальницей Скрипиных в своде написано огромное «Отечество». Роспись стен, разбитых на четыре широких (1,8 м) яруса, посвящена сценам житий и мучений титульных святых придельного храма. В конхе алтаря – «Христос в потире», в апсиде – избранные святые, в амбразуре алтарного окна – «Благовещение». Над конхой прямо на стене написаны два верхних яруса придельного иконостаса. В окне придела представлены соимённые святые храмоздателей Скрипиных. Исследователи отмечают, что стилистически стенопись придела Гурия, Самона и Авива близка к живописи шатрового Ризположенского придела, который, несмотря на свои миниатюрные размеры, является шедевром ярославского декоративного искусства. Знаменщик очень остроумно использовал шатровый характер его архитектуры, разместив в куполе вписанный в круг «Предвечный совет», на восьми склонах шатра – двунадесятые праздники, в восьмиграннике, связывающем шатёр с четвериком, – два ряда евангельских сцен и притчей, а в четверике – три сюжетных фриза, связанных единством содержания: «Страсти Христовы», «Сказание о ризе Господней» и «Сказание о нерукотворном убрусе». В конхе придельного алтаря – композиция «Похвала Богородицы», в апсиде – вселенские святители, в амбразуре окна – «Христос Архиерей» и два ангела с рипидами. Пострадавшая от поновлений живопись тёплого Покровского придела посвящена преимущественно богородичной теме. В центре свода, между алтарной преградой и столпами, написаны «Коронование Богоматери» и «София созда себе дом», на стенах и столпах – иллюстрации к чудесам из «Нового неба» Иоанникия Галятовского: «О святом Амадее и архангеле Гаврииле», «Об Иверской иконе Богоматери», «Об исцелении руки Иоанна Дамаскина» и др.