В куполах малых барабанов помещены следующие изображения: в юго-западном – «Великий Архиерей», в северо-западном – «Богоматерь Знамение», в северо-восточном над жертвенником – «Христос Эммануил», в юго-восточном над диаконником – «Иоанн Предтеча с Христом в потире». В трибунах западных барабанов праотцы и пророки, в трибунах восточных – апостолы из числа семидесяти. На восточном своде за иконостасом – «Предвечный совет». На остальных сводах располагаются праздники: на северном – «Благовещение» и «Крещение», на южном – «Рождество Христово» и «Сретение», на западном – «Вознесение». Последняя композиция вместо 18 традиционных персонажей насчитывает в своём составе 57 эффектно сгруппированных фигур. Она хорошо обозрима из любой точки храма. По мнению исследователей, «Вознесение» как бы акцентирует общий жизнеутверждающий строй росписи. Во многом этому способствуют и эмблемы херувимов красного цвета, покрывающие паруса боковых барабанов и замковые арки окон. В подпружные арки сводов вписаны монументальные фигуры апостолов по два в рост. Апостольский цикл продолжается и в верхней части столпов, разбитых разгранками на три яруса. В центральной части столпов помещены эпически спокойные фигуры воинов-мучеников, а в нижней – величавые фигуры князей и царей в длинных парчовых шубах. Среди них ярославские чудотворцы Василий и Константин и Фёдор Ростиславич Черный с сыновьями Давидом и Константином. На сторонах столпов, обращённых к алтарю, патроны заказчиков храма мученик Вонифатий и преподобный Иоанникий Великий. Стены храма разбиты на пять сюжетных ярусов шириной 2,2–2,3 м. В нижней части боковых стен их дополняет травный орнамент (1,8 м) из крупных красных и зёленых побегов на золотистом фоне, а также традиционный подзор с орнаментальными кругами (1,2 м). На западной стене травяной фриз заменён храмовой летописью, написанной в три строки великолепной вязью. Два верхних яруса посвящены земной жизни Иисуса Христа и евангельским притчам, за исключением восточного люнета северной стены, занятой монументальной композицией «Собор святых Отец», написанной в память соборов патриарха Никона. В третьем ярусе, занимающем (как и второй) оконные откосы, иллюстрированы «Деяния апостолов», преимущественно Петра и Павла. В четвёртом ярусе разработана храмовая тема – житие и чудеса пророка Ильи, пятый посвящён житию и чудесам его ученика пророка Елисея. В тимпане над парадным порталом строгая и торжественная композиция «Предста царица». В храмовых ярусах (четвёртом и пятом) знаменщик менее всего был связан с официальной иконографией. В самом выборе сюжетов, в их толковании он сумел, по мнению исследователей, великолепно выразить мотив освящения земных трудов и дней, создав неповторимые по красоте эпического звучания сцены народных труда, быта и празднеств. Таковы знаменитые фрески «Жатва», «Сбор яблок», «Рождение сына сунамитянки». Образцом для этих новых иконографических изводов послужила голландская «Библия Пискатора», которую авторы росписи переработали на русский лад, взяв за основу содержание и сохранив неизменной национальную форму исполнения.