Становление монастыря от богадельни или общины до официального учреждения занимало иногда несколько десятилетий. Женские монастыри получали от государства меньшее содержание, чем мужские, но они успешно занимались хозяйством: держали скот, птицу, выращивали овощи, так что могли повысить доходы, вместе с тем широкая благотворительность, которую они осуществляли (больницы, приюты для престарелых, сиротские приюты, школы для девочек и др.), требовала много средств. В этих обстоятельствах велика была роль игуменьи, которая была организатором и управительницей в монастыре. Игуменья заботилась не только о материальной, но, прежде всего, о духовной жизни сестёр. Игуменья в монастыре – наставница подвизающихся в нём в деле спасения. Она поддерживает уставной порядок в монастыре, следит за исполнением молитвенного правила. Монахини выходят из монастыря только в сопровождении старицы или старших сестёр и только по разрешению игуменьи. Игуменья принимает послушниц в монастырь. Правило 19 седьмого Вселенского собора, фиксируя нарушения, встречавшиеся в жизни монастырей, и пресекая их, утверждает, что игуменья, принимающая в монашество «за злато», «да изгонится из монастыря, и да предастся во иный монастырь в послушание». В древней церкви игуменьи заведовали исповедью и покаянием монахинь своего монастыря. В Житии тавеннисийской подвижницы преподобной Евпраксии говорится, что в монастыре было постановлено открывать настоятельнице о каждом искушении. Однажды все сёстры в Тавеннисийском монастыре открыто исповедовались перед отшельником, каясь, что издевались над юродивой сестрой, он принял их исповедь и помолился о них. В первых женских монастырях не было власти, налагавшей епитимии, такой властью был находящийся вне монастыря старец, ведавший дисциплинарными взысканиями, а сакраментальную исповедь совершал приходящий пресвитер. Порядок исповеди устанавливается в правилах Василия Великого: «Гораздо благоприличнее и безопаснее такая исповедь, которая бывает при старице перед пресвитером, способным предложить благоразумный способ покаяния и исправления». Очевидно, что старица была нравственным руководителем для младших и не обладала правом исповеди, она в данном случае выступала как надзирательница и, по мнению исследователей, самой исповеди не слышала. По-видимому, игуменьи рано завладевают исповедью и покаянием подчинённых им сестёр, таким образом, сакраментальная исповедь была потеснена старческой. По «Наставлениям инокиням», надписанным именем патриарха Иоанна IV Постника, игуменья, принимая исповедь сестры перед иноческим постригом, «узнаёт помыслы сердца и всё содеянное каждою с детства» (эта исповедь особенно важная, она обнимает всю жизнь будущей постриженицы). Игуменье приносилось исповедание повседневных грехов и помыслов, она же налагала епитимии. После периода Вселенских соборов игуменьи исповедовали и налагали епитимии, ощущая себя «духовными матерями» подчинённых инокинь.