В письме И.С. Мазепе от декабря 1688 г. Иннокентий высоко оценил «Книгу о манне...» («Пречестнаго монаха Медведева веру, труды, разум хвалю и почитаю»). Труд Сильвестра (Медведева), с которым Иннокентий состоял в переписке, давал ответ на вопрос о времени преложения Святых Даров в духе католического богословия. Эту точку зрения разделяло большинство малороссийского духовенства. В начале 1689 г. Иннокентий включился в дискуссию о времени пресуществления Святых Даров, написав, как полагают исследователи, по благословению Киевского митрополита «Книгу о пресуществлении, словесы Христовыми с действием Святаго Духа совершающомся». Главными оппонентами Иннокентия и Сильвестра (Медведева) в Москве выступили братья Лихуды. Для решения спора в августе 1689 г. в Москву была направлена делегация Киевской митрополии, в состав которой входил Иннокентий. Во время дискуссий взгляды Иннокентия были признаны «латинницкими», и его выслали из Москвы. На Московском соборе 1690 г. книга Иннокентия попала в число сочинений, на распространение которых налагался запрет («Книга о пресуществлении...» сохранилась в нескольких списках, обнаруженных Ильёй Александровичем Шляпкиным). Иннокентий принимал деятельное участие в церковных, общественных и политических событиях в Киеве и Юго-Западной Руси в конце XVII в. В мае-июне 1690 г., во время выборов Киевского митрополита, Иннокентий был маршалком Собора. 25 июля 1687 г. присутствовал на избрании И.С. Мазепы гетманом, подписал избирательный акт. Вскоре И.С. Мазепа пожертвовал крупные средства на ремонт монастырской Кирилловской церкви. 29 апреля 1692 г. Киевский митрополит Варлаам (Ясинский) поручил Иннокентию провести с И.С. Мазепой переговоры об учреждении в Батурине архимандритии во главе с Димитрием (Савичем (Туптало)). Об ответе И.С. Мазепы, занятого в 1691–1692 гг. борьбой с восстанием под руководством Петрика, исследователям неизвестно. 26 июля 1692 г. И.С. Мазепа издал универсал о передаче Кирилловскому монастырю озёр, ранее принадлежавших Ржищевской обители («иж просил нас превелебный господин отец Инокентий (Монастырский), игумен свято-кирилский киевский, з братиею»). Осенью 1695 г. Иннокентий поставил подпись под грамотой украинского духовенства и гетмана И.С. Мазепы патриарху Московскому и всея Руси Адриану, содержавшей просьбу о епископской хиротонии Дионисия (Жабокрицкого), для которой были канонические препятствия. В следующем году Иннокентия обвинили в переписке с тайно перешедшим в унию в 1677 г. Львовским епископом Иосифом (Шумлянским). Обвинения против Иннокентия не были рассмотрены из-за его кончины. Отпевание Иннокентия совершил его близкий друг св. Димитрий (Савич (Туптало)). Место захоронения Иннокентия неизвестно, исследователи полагают, что он был погребён в Кирилловской церкви возле столпа с его портретным изображением.