Исследователи полагают, что овручские архимандриты таким образом пытались не допустить захвата имущества архимандритии униатами. 9 сентября 1682 г. Ян III Собеский направил универсал православной шляхте Киевского, Брацлавского и Черниговского воеводств с предписанием не вступать в дело об Овручской архимандритии и не поддерживать Иннокентия, угрожая штрафом в 50 тыс. золотых. В марте 1681 г. Иннокентий был избран игуменом киевского Кирилловского монастыря. Осенью 1685 г. с пятью сопровождающими он ездил в составе делегации Киевского митрополита Гедеона (Святополк-Четвертинского) в Москву на переговоры о переходе Киевской митрополии в подчинение Московскому патриарху. 21 мая 1687 г. Киевский митрополит Гедеон (Святополк-Четвертинского) дал Иннокентию грамоту о переходе имений разорённого ржищевского в честь Преображения Господня монастыря к Кирилловскому монастырю (Архивы Западной Руси, том 5). В следующем году митрополит просил содействия Иннокентия в переговорах с Черниговским архиепископом Лазарем (Барановичем), который 7 марта 1688 г. обратился в Москву с просьбой подчинить Черниговскую кафедру Московскому патриарху. Митрополит Гедеон (Святополк-Четвертинский) поручил Иннокентию списаться по этому вопросу с помощником архиепископа Лазаря (Барановича) архимандритом Феодосием (Углицким). Иннокентий дважды писал черниговскому архимандриту и получил ответ об отправке в Киев уполномоченного от архиепископа Лазаря (Барановича). Вскоре выяснилось, что черниговский иерарх тянул время, договорившись о переходе епархии в юрисдикцию Московского патриарха. В 1688–1690 гг. Иннокентий отстаивал права Кирилловского монастыря в ряде судебных разбирательств с Киевским магистратом: в связи с жалобами горожан на установление монастырём мостового сбора, в связи с попыткой главы магистрата Ивана (Яна) Демидовича Быковского захватить часть имений обители. Иннокентий отправил жалобу на магистрат в Москву. По указу царей-соправителей и регентши Софьи Алексеевны от 12 октября 1689 г. было проведено размежевание имений монастыря и магистрата. В 1688–1689 гг. в связи со спорами о времени преложения Святых Даров (см. в ст. Евхаристия), которые шли в Москве с конца 1660 гг., патриарх Иоаким (Савёлов) послал грамоты Киевскому митрополиту Гедеону (Святополк-Четвертинскому), Черниговскому архиепископу Лазарю (Барановичу) и киево-печерскому архимандриту Варлааму (Ясинскому) с предписанием изложить свою позицию по этому вопросу. В 1688 г. царевна Софья Алексеевна отправила гетману Ивану Степановичу Мазепе посвящённую данной теме «Книгу о манне Хлеба животного» Сильвестра (Медведева). Вместе с сочинением Сильвестра (Медведева) на Украину была послан содержавший иную точку зрения труд греков Лихудов «Акос, или Врачевание, противополагаемое ядовитым угрызением змиевым».