Реконструкция, предполагающая завершение третьего яруса куполом, напоминающим завершение собора московского Высокопетровского монастыря, в последнее время оспаривается. Привлечение другого круга аналогов и анализ изображений столпа на миниатюрах из Лицевого летописного свода (1570 гг.) позволяют исследователям предположить, что завершение храма должно было быть в виде кирпичного шатра, подобно завершению итальянских кампанилл. Изучение колоколен в различных областях Италии показывает исследователям, что, несмотря на отсутствие прямых аналогий, церковь преподобного Иоанна Лествичника 1505–1508 гг. органично вписывается в их ряд. Так, в Италии повсеместно была распространена традиция строительства высоких подколоколенных сооружений, поднимающих ярусы звона на значительную высоту. На протяжении длительного периода (XII–XV вв.) в различных областях Италии строились восьмигранные столпообразные сооружения. Также во многих итальянских кампаниллах используется приём уменьшения диаметра верхних частей столпа по сравнению с нижними, в основном, на уровне верхнего яруса звона. Образовавшаяся площадка часто служит обходной арочной галереей на столбах или колоннах, окружающей верхний восьмерик или цилиндр (например, восьмигранная колокольня при церкви Сан-Никола в Пизе, около 1170 г. и (или) между 1230 и 1250 гг.). Композиция церкви преподобного Иоанна Лествичника имеет, по мнению исследователей, ряд особенностей, отличающих её от аналогичных итальянских зданий: во-первых, это – редкое для Италии соединение подколоколенной и храмовой функций в одном сооружении; во-вторых, это – система внутристенных лестниц и помещений внутри столпа; в-третьих, это – акцентированная ступенчатость всей композиции – редкая, но встречающаяся в построении башен над средокрестием в соборах, например, в Ломбардии. Тем не менее, аналогии церкви преподобного Иоанна Лествичника исследователи обнаруживают в рисунках архитектурных трактатов Кватроченто. Примером может служить столпообразное сооружение с капеллой в одном из нижних ярусов и с колоколом в верхнем в «Трактате об архитектуре» Филарете (1460–1464 гг.). По мнению исследователей, архитектурный замысел, изложенный Филарете, совпадает с принципом соединения храмовой и подколоколенной функций, существовавшим в русской традиции. Однако именно Бон Фрязин создал тип сооружения, не существовавший до этого ни в русской, ни в итальянской архитектуре. Все известные центрические, круглые, восьми- или девятигранные подколоколенные сооружения на Руси построены после возведения московского столпа. Бон Фрязин, осуществив свой проект, вышел за границы местной традиции, найдя принципиально иные формы сочетания здания церкви с подколоколенным сооружением. Декор церкви преподобного Иоанна Лествичника призван подчеркнуть логику построения объёма, прежде всего, ярусность общей композиции. Такой подход к декорации столпообразных сооружений также находит аналогии в итальянских кампаниллах (см., например, при церкви Сан-Готтардо ин Корте в Милане, 1330–1336 гг.). Аркатура на кронштейнах, помещённая под карнизом, который отмечает основание нижнего яруса звона, исследователи называют типичным элементом романской архитектуры. При этом карниз совмещает готицизирующие элементы (трёхлопастные арки) и классицистические (сухарики, капельки и овообразные детали). Более упрощённые карнизы подчёркивают другие горизонтальные членения столпа (трёхлопастные арки и сухарики).