Конструкцию оконных проёмов исследователи находят весьма необычной, она определена, с одной стороны, огромной толщиной стен, с другой – высотой конх над экседрами. Световой проём, прорезанный в стене экседры, значительно ниже соответствующего ему проёма в наружной стене восьмерика. Из-за этого образовался крутой по подъёму и длинный подоконный откос, а свод ниши окна значительно выше светового проема, прорезанного в стене экседры. Наос храма перекрыт восьмигранным сводом, у основания которого проходит белокаменный карниз, а в вершине установлена белокаменная розетка. В отличие от церкви 1329 г. новый храм не был расписан. Летописные сведения об этом отсутствуют, а также не найдены фрагменты возможных росписей при реставрационном исследовании стен в 1977 г. Нижний восьмерик был предназначен не только для размещения храма, но и для оборудования первого яруса звона с массивными колоколами. При размере церкви, ограниченном архитектурной целесообразностью, и при необходимости поднять тяжёлые колокола на значительную высоту возникала задача уменьшения массы кладки и её давления на своды церкви. Поэтому Бон Фрязин создал промежуточный этаж между храмом и площадкой звона. Он устроил центрическое восьмигранное помещение, располагающееся непосредственно над храмом. С ним сообщаются три камеры, призванные освободить от тяжести кладки своды притвора и прямой лестницы. Все помещения могли иметь при этом и хозяйственное назначение. Войти на промежуточный этаж можно с площадки прямой лестницы, которая предположительно предназначалась для подъёма сундуков с казной в случае пожара Кремля. Далее по этой же лестнице можно попасть на уровень первого яруса звона, куда с первого этажа напрямую вела вторая, винтовая лестница. Для устройства площадки звона архитектор почти вдвое (до 2,5 м) сузил стены восьмигранного столба. Снаружи столба была устроена крытая галерея, пилоны которой были соединены арочными перемычками. Между пилонами были повешены колокола. Второй ярус столба, который исследователи условно называют средним восьмериком, значительно у́же нижнего, за счёт чего над сводами галереи первого яруса звона образовалось свободное гульбище. Бо́льшая часть среднего восьмерика, самой высокой части столба, – постамент для расположенного в его верхней части, на высоте более 40 м от земли, второго яруса звона. Для облегчения веса конструкции и увеличения устойчивости архитектор создал внутри пустое пространство почти на всю высоту восьмерика. Оно не имеет самостоятельного назначения и выполняет только конструктивную функцию. Подъем с первого яруса звона на второй осуществляется по внутристенной винтовой лестнице. Для устройства второго яруса звона стены восьмерика были прорезаны арками, в которых висели колокола. В центре площадки второго яруса звона, окружённой арками, соединяющими пилоны, возведён каменный столб, внутри его – каменная винтовая лестница на верхний ярус звона, где располагаются зазвонные, самые мелкие, колокола. На уровне верхнего яруса звона для уменьшения веса толщина стен сокращена до 80 см, за счёт чего над вторым ярусом звона (как и над первым) образовалось гульбище, на сей раз декоративное. Таким образом, постепенно уменьшая толщину стен и облегчая их за счёт полых камер, архитектор создал сооружение, отличающееся, несмотря на высоту, особой прочностью и устойчивостью. Каким было завершение столпа 1505–1508 гг., остаётся неизвестным.