На «Парафразе» Феофила основаны два появившихся в этот же период трактата: о степенях родства и об обязательствах. В инскрипции «Эклоги» указано на использование «Институций» Юстиниана, которые послужили одним из главных источников этого сборника. «Институции» Юстиниана через посредство «Парафразы» Феофила широко использовались при создании «Прохирона». На «Институции» Юстиниана или на «Парафразе» основаны, например, Proch. XXIII (о завещаниях вольноотпущенников), XXVI (об освобождении подвластных), XXIX (о кодицилле), XXXII (о Фальцидиевой доле). Однако в некоторых случаях составители «Прохирона» отступали от норм «Институций» Юстиниана и Юстинианова законодательства в целом. При составлении «Исагоги» были использованы как «Институции» Юстиниана непосредственно, так и «Парафраза» Феофила. Небольшие заимствования из «Институций» Юстиниана (через «Парафразу» Феофила) были сделаны составителями «Василик». Император Лев VI Мудрый, как считают издатели его новелл, при составлении своих законов пользовался непосредственно «Институциями» Юстиниана, «Дигестами» и «Кодексом», игнорируя переработанный их текст в «Василиках». Так, Novell. Leo. 51 (о кладах) опирается на норму Inst. Just. II 1. 39, которая к тому времени вышла из употребления и не была включена в «Василики». В новеллах Льва VI Мудрого встречаются ссылки на 13 фрагментов «Институций» Юстиниана. «Институции» Юстиниана часто употреблялись юристами-практиками (непосредственно или через «Парафразу» Феофила) при подготовке неофициальных правовых сводов и справочников вплоть до «Прохирона» Константина Арменопула. В частности, «Ecloga legum» содержит 47 ссылок на «Институции» Юстиниана. В «Ecloga privata aucta» одна из важнейших глав, устанавливающая максимальный ссудный процент, по мнению исследователей, заимствована из «Институций» Юстиниана через «Парафразу» Феофила. Таков же источник ряда норм наследственного и обязательственного права в «Ecloga privata aucta». В «Пире» «Институции» Юстиниана упоминаются трижды. «Парафраза» Феофила послужила источником сведений для византийских правовых словарей и «Synopsis legum» Михаила Псёлла. Отрывки из «Институций» Юстиниана через парафразу неизвестного автора, отличающуюся от «Collectio tripartita», вошли в «Номоканон XIV титулов» (всего девять фрагментов). До XI в., когда на Западе были вновь открыты «Дигесты», «Институции» Юстиниана были главным пособием для изучения римского права. Они рано начали подвергаться глоссированию (большое количество глосс сохранилось в туринской рукописи). Кроме того, «Институции» Юстиниана включались в различные западные юридические сборники. Так, вместе с «Кодексом» и «Новеллами» Юстиниана «Институции» Юстиниана легли в основу церковно-правового сборника «Lex Romana canonice compta» (между 825 и 900 гг.). В распоряжении составителя этого сборника была полная рукопись «Институций» Юстиниана. Составление глосс к «Институциям» Юстиниана продолжалось и в XI–XII вв. В XIII в. Аккурсий создал «Ординарную глоссу», охватывавшую весь «Corpus iuris civilis», включая «Институции» Юстиниана. Это фактически завершило процесс глоссирования данного памятника. Около 1220–1230 гг. «Институции» Юстиниана были переведены на старофранцузский язык. В Новое время трёхчастная структура «Институций» Юстиниана легла в основу «Кодекса» Наполеона (1804 г.) и многих современных гражданских кодексов.