М.Д. Присёлков напрямую связывает арест Иоанна по приказу Святополка с составлением первого летописного свода. В дополнение к аргументам М.Д. Присёлкова исследователи высказали следующее наблюдение: предисловие к Начальному своду содержит обращение к слушателям, а не к читателям – очевидно, это отредактированная запись проповеди Иоанна, за которую он, как полагают исследователи, и поплатился ссылкой. А.А. Шахматов, утверждая несомненную связь Начального свода с Киево-Печерским монастырём, считал, что «книжная традиция не сохранила нам имени составителя». При этом А.А. Шахматов и вслед за ним М.Д. Присёлков атрибутировали Иоанну вставки в летописный свод 1073 г., относящиеся к начальному периоду Печерского монастыря, в которых критикуется ослабление подвижнической жизни в обители при игумене Никоне. Арсений Николаевич Насонов допускал участие Иоанна в составлении Начального свода. «Преподобный Иоанн игумен» упомянут среди «града Киева святых» в «Описании о российских святых» (сочинение известно в списках XVIII–XIX вв.). Как неканонизированный подвижник Иоанн указан в агиографических справочниках Николая Платоновича Барсукова, архимандрита Леонида (Кавелина) и архиепископа Сергия (Спасского). Названные агиографы в качестве места погребения Иоанна ошибочно указывали киевские пещеры (архиепископ Сергий при этом ссылался на святцы киевского Софийского собора). Канонизацией Иоанна исследователи считают включение его имени в Собор всех святых, в земле Российской просиявших, составленный в середине 1970 гг. в ходе подготовки к изданию богослужебных Миней. Исследователи полагают, что Иоанн представлен на нескольких миниатюрах Радзивиловской летописи конца XV в. (Библиотека Академии Наук). В частности, он изображён в композиции погребения преподобного Исаакия Киево-Печерского. На миниатюрах, посвящённых обретению и переносу мощей Феодосия Киево-Печерского, в одном случае изображён справа, наблюдающим за работой в пещере, во втором – слева, у изголовья преподобного Феодосия, напротив братии. Иоанн не поименован, показан без нимба, в клобуке и монашеском одеянии. Изображение святого помещено на ксилографии 1656 г. мастера Илии в старопечатном издании Киево-Печерского патерика (Киев, 1661 г.), иллюстрирующей чудо о преподобных Иоанне и Захарии Киево-Печерских, свидетелем которого стал Иоанн. В интерьере храма перед иконами Богоматери с Младенцем и преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских ангел поражает терзаемого бесами Сергия – опекуна преподобного Захарии. Иоанн показан с нимбом впереди группы монахов на втором плане. Тот же сюжет повторен на гравюре Леонтия Тарасевича, выполненной для издания Патерика 1702 г. Исследователи предполагают, что Иоанн (или, скорее, преподобный Иоанн, духовный брат преподобного Феофила) упоминается в иконописных подлинниках конца XVIII – начала XX в.: «Сед, брада Сергиева, на главе клобук чёрной, риза преподобническая, испод бакан» (Библиотека Академии Наук), «типа русскаго, преклонных лет, с бородой средней величины с проседью; одежды монашеския и куколь».