Иоанну был возвращён титул «архиепископ Брестский и Полесский». С августа 1944 г. Иоанн жил в Мариенбаде (ныне Марианске-Лазне, Чехия), служил в местной Владимирской церкви, вошёл в юрисдикцию Русской православной церкви за границей (РПЦЗ). В конце 1945 г. обратился к Патриарху Московскому и всея Руси Алексию I с просьбой о возвращении в юрисдикцию Московского патриархата. Принят в сущем сане, по благословению патриарха Алексия 19 октября 1945 г. назначен настоятелем Владимирской церкви Мариенбада, община которой также присоединилась к РПЦ. 12 января 1946 г. назначен архиепископом Молотовским (Молотовом до 1957 г. называлась Пермь) и Соликамским. 20 мая прибыл в Молотов. Сразу же распустил епархиальный совет, сочтя его делопроизводство «совершенно расстроенным». Управляющим делами Молотовской епархии был назначен прибывший вместе с Иоанном протоиерей Михаил Зеленецкий, который, по мнению областного уполномоченного Совета по делам РПЦ, оказывал сильное влияние на архиерея. Иоанн служил в соборе по праздничным и воскресным дням, в остальные дни всегда присутствовал на богослужении, почти всё время проводил в храме. С местным духовенством держал себя замкнуто, строго требовал исполнения уставного богослужения. Назначал на вакантные священнические должности иеромонахов и иереев, вернувшихся из мест заключения, что вызывало обеспокоенность уполномоченного Совета по делам РПЦ, передававшего в отчёте слова архиепископа: «Я обязан устраивать на приходы в первую очередь пострадавших». В 1955 г. награждён правом ношения креста на клобуке. 31 мая 1956 г. назначен архиепископом Алма-Атинским и Казахстанским. 14 марта 1957 г. определён архиепископом Челябинским и Златоустовским. При Иоанне были проведены ремонты и реконструкция многих церквей и молитвенных домов. Иоанн уделял большое внимание укреплению в епархии финансовой отчётности, была создана епархиальная ревизионная комиссия, учреждена должность заведующего епархиальным хозяйством. Епархиальные доходы возросли с 6 млн. руб. в 1956 г. до 8,5 млн. руб. в 1958 г. Значительно увеличилось число священнослужителей. Поскольку власти не давали согласие на открытие новых храмов, Иоанн проводил расширение штата действующих церквей, а также ввёл должности разъездных священников для окормления районов, не имевших храмов. Особое внимание при Иоанне уделялось организации в епархии церковных хоров. В условиях начавшейся при Никите Сергеевиче Хрущёве антицерковной кампании активная деятельность Иоанна вызывала недовольство властей. 15 июля 1959 г. уволен по прошению на покой с определением места пребывания в Херсоне. 16 марта 1961 г. назначен архиепископом Костромским и Галичским, однако в епархию не прибыл. 5 мая того же года вновь уволен на покой. Иоанн, несмотря на тяжёлую болезнь, всегда был бодр духом, за несколько дней до кончины был соборован и причастился Святых Таин. Отпевание совершили настоятель Свято-Духовского собора Херсона протоиерей Антонин Диаковский и клирики епархии. Иоанн был погребён, согласно завещанию, на кладбище в посёлке Киндийка – пригороде Херсона.