Иоанн выступал за сохранение в богослужении церковнославянского языка, соглашаясь на введение украинского и белорусского языков только в отдалённых приходах, где того желало большинство прихожан. Оказывал поддержку открытым в Бресте русским гимназии и учительским курсам, ставшими центрами русской культуры и просвещения. С августа 1942 г. Иоанн – епископ Брестский и Кобринский (Ковель был передан под управление Луцкого епископа Иова; Кресовича). 7 июня 1943 г. на состоявшемся в Ковеле архиерейском Соборе УПЦ Иоанн был возведён в сан архиепископа, стал правящим архиереем самостоятельной Полесской и Брестской епархии. С середины 1943 г. Иоанн изменил свою позицию в сторону большей украинизации церковной жизни. Протестовавший против этого священник Митрофан Зноско-Боровский (впоследствии епископ РПЦЗ), благочинный церквей Брестского благочиннического округа, был заменён на посту первенствующего члена духовной консистории прибывшим с Волыни протоиереем Михаилом Зеленецким, сын которого Георгий стал келейником и секретарём Иоанна. Позднее, осенью того же года, священник Митрофан в знак протеста ушёл с поста благочинного, на который был назначен протоиерей Михаил. В связи с переподчинением Бреста оккупационному генеральному округу «Белоруссия» от Иоанна потребовали перехода в созданную по указанию немецкой администрации Белорусскую автокефальную православную церковь (БАПЦ), которую формально возглавлял Минский митрополит Пантелеимон (Рожновский). В начале апреля 1944 г. Синод БАПЦ принял Иоанна по его просьбе в свою юрисдикцию. 12–19 мая того же года Иоанн участвовал в Соборе епископов Белоруссии в Минске, принявшем решение о включении Брестской епархии в состав Минской митрополии. В связи с ожидавшимся присоединением к БАПЦ Пинского архиепископа Александра (Иноземцева) Собор дал согласие на переход под его управление восточной части Брестской епархии. Титул Иоанна по этой причине был изменён на «архиепископ Брестский и Ковельский». Иоанн настоял, чтобы от архиепископа Александра потребовали разорвать все связи с неканонической УАПЦ. Вместе с другими членами Собора Иоанн был вынужден под давлением немецких властей поставить подпись под актом о незаконности состоявшегося в сентябре 1943 г. избрания митрополита Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси. Иоанн начал поддерживать меры по переводу богослужения на белорусский язык, что вызвало недовольство брестского духовенства. За критику своих действий Иоанн решил исключить из клира Брестской епархии и запретить в священнослужении священника Митрофана Зноско-Боровского, однако митрополит Пантелеимон (Рождественский) отказался утвердить это решение и потребовал «не заграждать уста ревностного и достойнейшего пастыря Церкви». 8 июля 1944 г. Иоанн был эвакуирован немцами из Бреста. 14 (по другим данным, 20) июля на совещании епископов Белоруссии, состоявшемся в городе Сосновец (Польша), было принято решение считать архиепископа Александра (Иноземцева) находящимся вне БАПЦ,