Иоанн IV стремился контролировать внутрицерковные дела. На Соборе в Бору-Меда (29 мая 1878 г.) император выступил арбитром в давнем богословском споре о соединении и помазании. При его поддержке господствовавшая в Тигре крайняя монофизитская партия «двух рождений» взяла верх над партией «трёх рождений» из Шоа, самым ярым сторонникам которой по приказу Иоанна IV отрезали языки. Тем самым господство области Тигре было закреплено и в религиозно-идеологической сфере. Ключевое значение для дальнейшей судьбы Эфиопской церкви имело принятое 8 июля 1881 г. по настоянию Иоанна IV беспрецедентное решение Синода Коптской церкви об отправке в Эфиопию взамен умершего в 1876 г. Афанасия четырёх митрополитов, каждому из которых были выделены епархии: Пётр, оставленный при императорском дворе, получил престол Тигре; Марк – Бегамедра (Бэгемдыра) и Самена (Сымена); Лука – Годжама; Матфей – Шоа. Тем самым был сделан важнейший шаг на пути к учреждению в Эфиопии патриаршества. Убеждённый консерватор, Иоанн IV выступал против деятельности иностранных миссионеров в своих владениях и против распространения печатных книг, составленных ими преимущественно на амхарском языке. В 1880 г. он поручил расу Алуле и расу Вальда Микаэлю сжечь все амхарские книги, которые они смогут найти, однако значительное их число владельцам удалось скрыть. Правда, уже в 1881 г. император пошёл на уступки и предоставил миссионерам мулов для перевозки религиозной литературы. Иоанн IV считал нужным поддерживать некоторые средневековые традиции. Например, настаивал на том, что его подданные должны ходить босыми, и однажды прогнал двух молодых эфиопов, вернувшихся из Европы после учёбы у миссионеров и осмелившихся явиться к нему в обуви. В то же время проявлял интерес к европейской медицине. В 1885–1886 гг. его придворным врачом был грек, доктор Парисис, который способствовал распространению в стране вакцинации от оспы. Во время эпидемии оспы в 1886 г. впервые в истории Эфиопии прививки были сделаны значительному числу людей, начиная с императора и представителей высшей знати. Иоанн IV не имел постоянной резиденции, его ставка перемещалась вместе с войском. В 1871, 1874, 1875 и 1884 гг. он некоторое время жил в Адуа и её окрестностях; любил останавливаться также в селении Мэкэле в Тигре, где итальянский архитектор Дж. Наретти построил ему дворец. Во время частых визитов в область Бегамедр Иоанн IV неоднократно останавливался в поселении Дэбрэ-Табор. Там для него был возведён дворцовый комплекс, много раз перестраивавшийся за годы его правления при участии итальянских архитекторов. Как выходец из Тигре Иоанн IV испытывал личную неприязнь к Гондару, который пришёл в упадок после того, как Иоанн IV обязал митрополита и эччеге оставить бывшую столицу и находиться при нём в ставке. В историографии Иоанну IV иногда ставится в вину сотрудничество с британцами. Однако он сознательно принял такое решение, желая преодолеть отсталость Эфиопии в военно-технической области, но не поступился интересами своей страны.