По ходатайству архиерея указом Синода от 21 июля 1898 г. Покровская женская община при селе Прасковьине Стерлитамакского уезда Уфимской губернии (учреждена в 1892–1893 гг.) была преобразована в общежительный монастырь. 2–3 сентября 1898 г. Иустин возглавил торжества открытия монастыря и возвёл в сан игуменьи монахиню Августину. По инициативе Иустина был устроен епархиальный свечной завод, который снабжал свечами и соседние епархии. Заслугой Иустина является значительное улучшение архиерейского хора, ставшего явлением в культурной жизни Уфы. Неоднократно Иустин направлял церковные средства и на благотворительную деятельность, например, устроил в Уфе приют для престарелых и больных лиц заштатного духовенства. На основании указа Синода от 25 ноября 1899 г. Иустин открыл при Уфимском епархиальном училищном совете и его уездных отделениях (Мензелинском, Белебеевском и Бирском) временные Попечительные комитеты для сбора пожертвований на устройство при церковных школах епархии бесплатных столовых для учащихся в местностях, пострадавших от неурожая хлеба. Эти средства были использованы также на приобретение для учащихся одежды и обуви, на выдачу денежных пособий нуждающимся учителям в тех же школах и на отопление школьных зданий. Особое внимание Иустин уделял воспитанию пастырей, организации проповеднического дела в епархии, чему посвящал многие статьи и поучения. В помощь священникам составил обширную и разностороннюю «Программу для пастырских поучений и чтений». Повышению уровня проповедей содействовал и Совет братства, в обязанности которому Иустин вменил разбор проповедей, представляемых священниками. Только за первый год существования братства Совет рассмотрел более 400 проповедей. С 1 октября 1897 г. в соборных и приходских церквах Уфимской епархии по воскресеньям и праздничным дням Иустином было установлено чтение акафиста, во время которого производились сборы в пользу Палестинского православного общества. Пример подал сам архиерей, который с 1897 г. в крестовой Свято-Духовской церкви проводил Евангельские чтения. Материалы чтений публиковались в виде особого приложения к «Уфимским епархиальным ведомостям» 1897–1898 гг., а также были изданы отдельной книгой («Вечное Евангелие». 1897 г.). На правление Иустина пришлась юбилейная дата – 100-летие учреждения Оренбургско-Уфимской епархии с кафедрой в Уфе. В Оренбурге празднество состоялось 16 октября 1899 г., в тот день, когда предполагалось открыть епархию. В Уфе же торжество приурочили к 4 марта – дню открытия в 1800 г. консистории, когда прибывший на кафедру первый епископ Оренбургский и Уфимский Амвросий (Келембет) сделал о том распоряжение. Различие празднеств сказалось и в их программе: в Оренбурге торжество имело официальный характер, с приглашением почётных гостей из других епархий, а в Уфе – домашний, только архипастырь и его ближайшие сотрудники.