В окружении Иосифа в связи с перенесением мощей князя Георгия Всеволодовича написано повествование о кончине князя Владимира Георгиевича, помещённое над гробницей князя во владимирском Успенском соборе. Тогда же составлен «Лист над гробом Всеволода и Мстислава Георгиевичев», содержащий сведения о гибели князей. Текст вошёл в список «Степенной книги» старшего извода Пространной редакции, хранившийся в конце XVII в. в Успенском соборе. 7 ноября 1648 г. были свидетельствованы мощи Кирилла Новоезерского, в 1651 г. для них прислана из Москвы серебряная рака. В 1649 г. по указу царя и по благословению патриарха открыты мощи княгини Анны Кашинской, в следующем году перенесённые из-под деревянной соборной церкви в каменный Воскресенский собор в присутствии царской семьи. 19 января 1652 г. в присутствии царя и Иосифа состоялось торжественное открытие мощей Саввы Сторожевского. В начале 1652 г., незадолго до смерти Иосифа, было принято решение перенести в московский Успенский собор мощи Московских святителей, пострадавших от светских властей: митрополита Филиппа (Колычева) из Соловецкого монастыря, патриарха Иова из старицкого в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря и патриарха Гермогена из Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыря. Об этом царь совещался 11 марта с патриархом и со всем Освященным Собором. Мощи патриарха Иова были принесены из Старицы в Москву 5 апреля, их встречали за Тверскими воротами царь и патриарх. Именем Иосифа подписано «Моление» к святителю Иову (1652 г.). Сразу же после этого события Иосиф заболел и через десять дней, в Великий четверг, умер. Кончина Иосифа описана в письме царя Алексея Михайловича к Новгородскому митрополиту Никону (Акты археологической экспедиции, том 4). Царь писал, что в последние годы жизни Иосиф «безпрестанно» говорил приближённым: «Переменить меня, скинуть меня хотят, а будет-де и не отставят, и я-де и сам за сором об отставке стану бить челом». Царь заверял адресата, что подобных намерений у него не было. Встречающемуся в литературе утверждению, что Иосиф к концу патриаршества устранился от активной деятельности, исследователи не находит подтверждения в документах. Несомненно при этом, что Алексей Михайлович посылал патриарху для поставления избранных им лиц: «по государеву указу» были избраны Псковский архиепископ Макарий (1649 г.) и Казанский митрополит Корнилий (1650 г.). В 1648 г. список с чудотворной Иверской иконы Божьей Матери был торжественно привезён в Москву с Афона «по изволению» царя и «по слову святаго архимандрита господина Никона Новаго Спасова монастыря». Имя Иосифа в связи с присылкой иконы не упоминается, хотя исследователям известно, что весной 1647 г. архимандрит Пахомий «бил челом» о приёме у Иосифа. Иосиф был рачительным хозяином.