Дело окончилось предупреждением виновных. Борьба с переходом местного населения в ислам также входила в обязанности управляющего осетинскими приходами. Иосиф объяснял эту тенденцию тем, что мусульманские аулы занимали лучшие земли в регионе, а православные бедствовали. Считал ошибочными действия администрации, которая во время Кавказской войны заботилась об улучшении отношений со знатными осетинскими фамилиями (преимущественно мусульманскими), даровала им привилегии фактически в ущерб православным осетинам. Миссионерское служение Иосифа вызывало противодействие некоторых местных жителей. 14 ноября 1861 г., во время пастырской поездки, на Иосифа было совершено покушение. Охране удалось схватить одного из нападавших, но архимандрит отпустил его. Иосиф неоднократно сталкивался с враждебным отношением начальника Военно-Осетинского округа генерал-майора Мусы Алхасовича Кундухова, который предложил выселить из Владикавказа осетин, якобы создающих в городе и его окрестностях криминальную обстановку, и поселить там колонистов. Иосиф называл идеи М.А. Кундухова необдуманными и оскорбительными для чести народа, указывал на то, что выселение осетин повредит распространению православия в регионе. В дальнейшем благодаря заступничеству Иосифа 27 из 95 семейств осетин были оставлены во Владикавказе, переселенцы основали селение Ольгинское. В 1867 г. при поддержке Иосифа православное население селения Квиани (Южная Осетия), которое жило в крайне тяжёлых условиях, переместилось в селение Суадаг (Северная Осетия). Иосиф поддержал ходатайство жителей селения Гизель о переселении их соседей-мусульман в селения Тулатово (Беслан) и Шанаево (Брут). Считал, что начальник округа и его помощники должны избираться из числа православных членов Общества воссановления православного христианства на Кавказе. Для успешного развития миссии в регионе было недостаточно храмов, которые к тому же представляли собой небольшие ветхие хижины. Благодаря Обществу восстановления православного христианства на Кавказе, образованному в 1860 г., а также императрице Марии Александровне удалось привлечь средства на строительство храмов и доставку церковной утвари, облачений, колоколов. В 1863 г. Преображенский храм во Владикавказе получил статус собора. В 1872 г. Иосиф совершил закладку кафедрального Михаило-Архангельского собора во Владикавказе, достроенного уже после его смерти. Когда Иосиф приехал в Осетию, среди местных священников преобладали грузины, богослужения совершались на грузинском языке, что осложняло задачи миссии среди не знавших языка северных осетин.