Во время поездок по епархии Иов активно выступал против закрытия церквей, призывал паству твёрдо стоять за свои храмы и не допускать упразднения приходских советов. С начала 1960 г. против Иова была развёрнута кампания преследования. В местных газетах и на антирелигиозных лекциях его обвиняли в крупных хищениях церковных средств, в сотрудничестве с немецкими властями во время оккупации Украины. Он был привлечён к суду по обвинению в уклонении от уплаты налогов «на представительство» за всё время пребывания на Казанской кафедре, хотя до 1960 г. эти расходы не подлежали налогообложению. Была начислена сумма в 790 тыс. руб. (до денежной реформы), которую выплатили дети Иова. Тем не менее, 24 апреля 1960 г. Иов был осуждён на три года лишения свободы в колонии общего режима и взят под стражу в зале суда. Раньше, 25 февраля, по требованию Совета по делам РПЦ Иов был уволен на покой. После осуждения Иова кампания против него продолжилась на всероссийском уровне: появились статьи в московских газетах и журналах, большим тиражом была опубликована брошюра, составленная в худших традициях антирелигиозных кампаний 1920 гг. Приговор Иову был показательной акцией властей, которая имела целью запугать архиереев, не согласных с ситуацией в стране, т.к. любой из них мог быть осуждён по подобному обвинению. Суд над Иовом стал одним из знаковых событий в наступлении Советского государства на церковь в конце 1950 – начале 1960 гг. и получил большой резонанс в стране и за границей. Иов отбывал срок заключения не в колонии, а в казанской тюрьме на хозяйственных работах. Освобождён после окончании срока 24 апреля 1963 г., жил на покое во Львове у детей. В апреле 1967 г. в соответствии с советским законодательством с Иова официально была снята судимость. 23 октября того же года он был назначен архиепископом Уфимским и Стерлитамакским. К 1967 г. в Уфимской епархии оставались действующими 17 церквей и молитвенных домов, в том числе три храма в Уфе. В клир епархии входило всего 26 зарегистрированных священнослужителей. Административная деятельность Иова была направлена на обеспечение стабильной церковной жизни. Он стремился избегать неоправданных перемещений священников с прихода на приход, боролся за высокий морально-нравственный уровень духовенства. Большое внимание уделял совершенствованию богослужебной жизни в приходах, что отмечалось даже уполномоченным Совета по делам религий. В отчёте за 1969 г. указывалось, что Иов «укрепляет дисциплину в епархии, подавая личный пример несения служб. Всю службу (три – четыре часа) стоит, посторонних разговоров не ведёт и другим не разрешает, вечерами присутствует на чтении акафистов».