В октября 1942 г. глава УАПЦ Поликарп (Сикорский) вынудил протоиерея Иоанна Давидовича перейти в свою юрисдикцию. Иов переехал из Луцка в Ковель, в связи с чем некоторое время титуловался как «епископ Луцкий и Ковельский». В начале 1943 г., после возвращения протоиерея Иоанна Давидовича в автономную УПЦ, вновь переехал в Луцк. После убийства 7 мая 1943 г. первоиерарха автономной УПЦ митрополита Алексия (Громадского) украинскими националистами Поликарп (Сикорский), воспользовавшись отъездом Иова на похороны, ещё раз попытался захватить приход УПЦ в Луцке, угрожая протоиерею Иоанну Давидовичу, но не добился успеха. 6–7 июня того же года Иов стал участником состоявшегося в Ковеле архиерейского Собора автономной УПЦ, который избрал новым первоиерархом Каменец-Подольского архиепископа Дамаскина (Малюту). По решению Собора в связи с кончиной правящего архиерея Волынской епархии ею стали управлять викарии с правами самостоятельных. Иов решением Собора был назначен епископом Кременецким и Дубенским, под его управлением также оставалась Луцкая викарная кафедра, а Ковельское благочиние перешло в ведение Владимир-Волынского епископа Мануила (Тарнавского). Во время немецкой оккупации по благословению Иова находившиеся в его подчинении клирики совершали крещения евреев, благодаря чему те могли покинуть гетто и спастись от уничтожения; прятали местных жителей, определённых к вывозу для работы в Германию (за что впоследствии Иов был награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.»). После освобождения Волыни советскими войсками в феврале 1944 г. Иов единственный из архиереев автономной УПЦ продолжал архиерейское служение на своей кафедре. Являлся временным управляющим Волынской епархией до назначения 23 мая 1944 г. епископом Волынским и Луцким Николая (Чуфаровского), при котором Иов стал викарием. По некоторым сведениям, между Иовом и епископом Николаем возникли разногласия в связи с принимавшимися правящим архиереем жёсткими мерами против бывших автокефалистов. К тому же в конце 1944 г. при невыясненных обстоятельствах пропала часть архива митрополита Алексия (Громадского) с личными данными о духовенстве. Сотрудники НКВД, которые не успели ознакомиться с этими материалами, подозревали викария в пропаже документов. Иов подал прошение патриарху Алексию I с просьбой о переводе на другую кафедру. 14 февраля 1945 г. назначен епископом Измаильским. Привлёк к работе в Измаиле несколько клириков с Волыни, которым там угрожали репрессии, что было расценено гражданскими властями как «ошибки в кадровой политике». 5 апреля 1946 г. уволен на покой с определением места пребывания в одном из монастырей Кишинёвской епархии.