Проводились тематические выставки юбилейного и историко-этнографического характера: «К 125-летию Отечественной войны 1812 г.», «К 175-летию Великой французской революции», «375 лет первой печатной книги в России», «Украина и Белоруссия в ХVII–ХIХ вв.», «Народы Северного Кавказа в первой половине ХIХ в.». Во время Великой Отечественной войны наиболее ценная часть фондов была упакована в 680 ящиков и отправлена в Хвалынск на Волге. С приближением фронта экспонаты перебазировали в Кустанай. И в Москве, и в эвакуации музейные сотрудники вели патриотическую работу. Уже в конце октября 1941 г. была создана выставка «Оборона Москвы», основанная на материалах фотохроники ТАСС, но вскоре музей пришлось закрыть: из-за бомбёжек были разбиты окна. В день парада на Красной площади 7 ноября 1941 г. музей вновь принял посетителей и уже не закрывался. В мае 1942 г. в трёх залах открылась выставка, посвящённая разгрому немецкой армии под Москвой. В 1944 г. из эвакуации вернулись все фонды. В годы войны велось активное комплектование фондов современными экспонатами, собрано свыше 12 тыс. памятников и документов. К концу 1950 гг. была восстановлена постоянная экспозиция музея, фонды пополнялись за счёт дарений, закупок и экспедиционных сборов. Экспедиции были отправлены в Архангельскую область и Донбасс, на Кавказ и в Поволжье, Якутию и на Дальний Восток; при этом часто сотрудники музея буквально спасали вещи от гибели. В советское время в структуру Исторического музея входили филиалы: Покровский собор (храм Василия Блаженного), Новодевичий монастырь, палаты бояр Романовых, Крутицкое подворье, Измайлово, Коломенское, музей В.И. Ленина. К 2011 г. фонды Исторического музея насчитывали 4,7 млн. предметов и 15 млн. листов документов. Основу структуры музея составляют 14 фондовых отделов, хранящих коллекции археологических экспонатов, нумизматику, собрания рукописей и старопечатных книг, древнерусской живописи, письменных источников, карт и атласов, изобразительных источников, оружия, драгоценных металлов, керамики и стекла, металла и синтетических материалов, тканей, дерева и мебели, книжный фонд. В 1986–2002 гг. прошла реставрация основного здания музея, в ходе которой были восстановлены исторические интерьеры здания. В 1997–2006 гг. работала постоянная экспозиция от каменного века до конца XIX в. В начале XXI в. Исторический музей провёл 572 выставки, из которых 321 прошла в регионах России и 41 за рубежом, в том числе большие выставки историко-церковной тематики: «Россия. Православие. Культура» (2000 г.), «Патриарх Никон и его время» (2002 г.), «Апостолы Нового времени. Миссионерская деятельность РПЦ в XVII – начале XX в.» (М., 2004 г.: Ханты-Мансийск, 2006 г.), «Тайна старой веры. К 100-летию высочайшего указа о веротерпимости» (2005 г.), «Патриархи Московские и всея Руси: век XX и XXI. К 45-летию архиерейского служения Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II» (2006 г.), «Тысяча лет русского паломничества» (2009 г.). Исторический музей – признанный научно-исследовательский многопрофильный центр российской истории. В его стенах работали учёные различных поколений и научных школ: Василий Алексеевич Городцов, Артемий Владимирович Арциховский, Борис Александрович Рыбаков, Валентин Лаврентьевич Янин, Михаил Николаевич Тихомиров, Сергей Владимирович Бахрушин, С.И. Щепкин, М.Н. Сперанский и др.