К началу Великой Отечественной войны приходы в Удмуртии находились в ведении Кировского архиерея. В годы Великой Отечественной войны духовенство Удмуртии активно собирало средства на нужды фронта и проводило патриотическую работу среди паствы. Верующие и священнослужители Удмуртии внесли в фонд обороны 4 100 тыс. руб. наличными и 825 тыс. руб. облигациями государственного займа, не считая одежды и продуктов. Треть средств пожертвовали в фонд обороны священнослужители, особо отличившиеся из них были награждены медалями (протоиереи Троицкого собора Ижевска Григорий Грачёв и Владимир Стефанов, настоятель Георгиевского храма Сарапула протоиерей Василий Шамшурин, настоятель Воскресенской церкви Сарапула протоиерей Димитрий Кушков, настоятель Успенской церкви Ижевска протоиерей Димитрий Казаков). Несколько священников из Удмуртии сражались на фронте. В годы войны православная жизнь в Удмуртии начала возрождаться. Определением Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского) от 21 июня 1943 г. Сарапульским епископом был назначен освобождённый из Северно-Уральского лагеря епископ Иоанн (Братолюбов), 8 июля на епископа Иоанна было также возложено попечение о православных приходах Удмуртии, 15 июля он был возведён в сан архиепископа и 23 июля прибыл в Сарапул. Вскоре архиепископ Иоанн обратился к Патриаршему Местоблюстителю с просьбой о перемещении архиерейской кафедры в Ижевск «ввиду более удобного положения Ижевска среди православных приходов». 19 ноября 1943 г. Священный Синод принял решение о переводе архиепископа Иоанна в Ижевск и об изменении титула архиерея на «Ижевский и Удмуртский». Архиепископ Иоанн служил в Успенской церкви – единственном действующем храме в Ижевске, в годы войны возвращённом из обновленчества православной церкви. В конце 1943 г. в Ижевской епархии действовало девять православных храмов, в которых несли служение 11 священников, диакон и псаломщик. В 1944 г. епархии было возвращено две церкви, в 1945 г. – восемь церквей, в том числе Свято-Троицкий собор, ставший кафедральным. К весне 1945 г. Ижевская епархия насчитывала 15 приходов (в Ижевском, Воткинском, Кизнерском, Можгинском, Старозятцинском районах, в городах Ижевск, Воткинск, Сарапул), в них служили 17 священников, диакон и девять псаломщиков. В 29 районах и двух городах не было действующих храмов. В республике значилось 166 закрытых православных церквей. Решением Священного Синода от 3 января 1946 г. на Ижевскую кафедру был переведён Луцкий и Волынский епископ Николай (Чуфаровский). За короткий период управления епархией епископ Николай много сделал для её возрождения, посетил приходы в Сарапуле, Воткинске, селе Можга. При нём возобновило работу епархиальное управление, была организована свечная мастерская, собрана епархиальная библиотека (около 600 томов). В сентябре 1946 г. архиерей восстановил миссионерскую деятельность среди удмуртов, полностью прекратившуюся после 1917 г., обязанности епархиального миссионера были возложены на настоятеля ижевской Успенской церкви протоиерея Димитрия Казакова (в Успенском храме сохранялись традиции совершения богослужений на удмуртском языке).