В 1547 г. некоторые положения из второго послания Иосифа «на еретики» были включены в чин венчания царя Ивана IV. Иосифлян неверно считают причастными к разработке концепции «Москва – Третий Рим». Нина Васильевна Синицына убедительно показала, что иосифляне не имели отношения к разработке этой доктрины. В то же время выработке представлений о Москве как о центре христианского мира в значительной мере способствовал Русский хронограф, составленный Досифеем (Топорковым). Здесь древнерусская летопись была впервые соединена в одно целое с византийскими хрониками, и древнерусская история стала выступать как заключительный раздел всемирной истории. Хронограф, созданный в Иосифовом Волоколамском монастыре, завершался сообщением о падении Константинополя, далее говорилось о покорении турками многих христианских царств, кроме России, значение которой в мире, напротив, возросло. Алексей Степанович Павлов сформулировал представление об Иосифе как о главном идеологе неотчуждаемости церковного имущества. Это мнение попытался опровергнуть Василий Николаевич Малинин, который полагал, что иосифляне, как и их противники, в отношении церковных имений не преследовали «строго определённую политическую доктрину». Другой стороной учения и деятельности иосифлян историки считали безоговорочную поддержку московских самодержцев «во всех спорных делах своего времени». Иван Петрович Хрущов писал, что «учение Иосифа Волоцкого, изложенное в обширных главах «Просветителя», воспитало убеждения Ивана Грозного». В дальнейшем приоритет был отдан не изучению взглядов последователей Иосифа, но оценочным суждениям о нравственном характере иосифлян, которым приписывали ненависть к противникам и раболепство перед властью. В исторической литературе неоднократно подчёркивалась поддержка (или неосуждение) митрополитом Даниилом сомнительных с точки зрения норм христианской морали действий великого князя (нарушения крестоцелования, насильственного развода). Деятельность иосифлян характеризовалась как «консервативно-формальное направление» в общественной мысли, в то время как нестяжатели объявлялись представляющими «направление критическое, нравственно-либеральное». Утвердилось мнение, что Иосиф и его последователи не являлись сколько-нибудь самостоятельными мыслителями. Во многом этот подход был обусловлен тем обстоятельством, что историки церкви в XIX в. искали ответ на вопрос о причинах подчинения церкви государству в эпоху Петра I и готовы были видеть одну из причин в «иосифлянской традиции», как они её понимали.