В связи с конфликтом с Новгородским архиепископом Серапионом Иосиф Волоцкий обратился к великому князю, и тот созвал Собор и распоряжался на нём. Иосиф просил разрешения великого князя писать против Вассиана (Патрикеева). В сочинениях Иосифа Волоцкого красной нитью проходит положение, что важнейшая функция светской власти – защита общества от еретиков. При этом Иосиф призывал не повиноваться правителю, отступающему от христианского учения, ставил в пример Константинопольских патриархов Германа и Никифора, которые боролись с императорами-иконоборцами. Распространённое в историографии мнение о том, что иосифляне были апологетами русского самодержавия во всех его проявлениях, базируется во многом на тенденциозных высказываниях их противников. Большое влияние на историографию проблемы оказала «История о великом князе Московском» князя А.М. Курбского, где проведено противопоставление нестяжателей, ставящих преданность убеждениям выше требований власти, и иосифлян – стяжателей, которые заискивали перед светской властью. Князь А.М. Курбский обвинял сведённого с кафедры Коломенского епископа Вассиана (Топоркова) в том, что тот внушил молодому царю Ивану IV мысль не держать советников «ни единаго мудрейшаго собя, понеже сам еси всех лутчши» («Русская историческая библиотека», том 31). Таким образом, племянник Иосифа обвинялся в подталкивании царя к опричнине. Ранее Вассиан (Патрикеев) адресовал Иосифу Волоцкому упрёк: «Почему еси дворянин великого князя?». Между тем известные факты деятельности иосифлян свидетельствуют о другом. Стремясь на постах церковных иерархов поддерживать российских самодержцев, они твёрдо отстаивали интересы и права церкви в её отношениях с властью, в том числе традиционное право печалования о находившихся в опале. За противодействие светской власти лишился кафедры Новгородский архиепископ Феодосий, из-за неприятия опричнины был убит Казанский архиепископ Герман (Садырев-Полев). В решениях Собора 1551 г., принятых с санкции иосифлянского большинства, нашли отражение усилия иосифлян во главе с митрополитом Макарием отстоять определённую автономию церкви перед лицом государственной власти. По мнению исследователей, под влиянием митрополита Макария Иван IV включил в решения Стоглавого Собора многочисленные тексты о неприкосновенности церковного суда и церковных владений. В «Стоглаве» зафиксированы решения, направленные на воспитание общества, приходского духовенства, на укрепление монастырской дисциплины, на создание церковных структур, способных содействовать переменам в обществе. Митрополит Макарий активно использовал сочинения Иосифа, трактующие вопросы взаимоотношений светских и церковных властей.