Однако горожане присвоили часть фундушных грамот и отказались выдать митрополиту драгоценную церковную утварь и деньги, принадлежавшие опекаемым ими храмам и богадельням («шпиталям»). Митрополит утверждал, что церковное имущество хранится без должной отчётности, и митрополии нанесён серьёзный убыток. Для наведения порядка в этом вопросе и урегулирования споров король назначил комиссаров – брестского воеводу Юрия Тышкевича и смоленского каштеляна Григория Тризну. Иона пользовался покровительством короля Сигизмунда II до его смерти, однако возможности короля в Речи Посполитой были ограничены привилегиями шляхты. Иона не смог добиться включения вакантной после смерти епископа Арсения (Балабана) Львовской епархии в состав Митрополичьей области и 15 августа 1570 г. был вынужден возглавить хиротонию кандидата, представленного Львовским католическим архиепископом, – Ионы (Ивана Лопатки-Осталовского). В 1571 г. Иона жаловался Сигизмунду II на действия королевских ревизоров, которые, получая подарки, ставят на приход «человека неученого». Кроме того, ревизоры «привернули» к королевскому замку в Киеве слуг и крестьян митрополита «на горе», у собора Святой Софии. Король приказал устранить эти злоупотребления. Иона пользовался поддержкой магнатов Великого княжества Литовского и коронных земель – великого гетмана литовского Григория Александровича Ходкевича, литовского маршалка Яна Ходкевича и киевского воеводы князя Константина Константиновича Острожского, которые помогали защищать церковные имения от расхищения со стороны светских лиц. В 1569 г. была заключена Люблинская уния между Польской Короной и Великим княжеством Литовским, объединившая два государства в одно – Речь Посполиту. В актах, связанных с заключением Люблинской унии, были зафиксированы гарантии сохранения православными своего вероисповедания. В привилеях, оформлявших переход Киевщины и Волыни из состава Великого княжества Литовского в состав Польского королевства, о получении населением этих земель польских «вольностей», говорилось, что их получают «шляхта, рыцарство, также и духовные сословия римской и греческой веры». Ещё более важным было записанное в данных документах обязательство сохранять в этих землях «достоинства и должности... духовные и светские». Позднее эти положения рассматривались православными в Речи Посполитой как обязательство власти содействовать сохранению православной церкви и служили юридической основой борьбы с попытками правительства принудить к принятию унии с католической церковью. 23 сентября 1576 г. король Стефан Баторий подтвердил грамоту, по которой Иона, «в летах зошлый и не могучи службе Божой», уступал митрополичью кафедру Илье Иоакимовичу Куче, удерживая за собой старейшинство в делах духовных до своей кончины, которая последовала не позже апреля 1577 г.