Решение двух последних вопросов Сигизмунд II отложил до общего польско-литовского сейма (Гродненский был сеймом Великого княжества Литовского). В грамоте к королю на Гродненский сейм Иона писал о своём намерении совершить объезд митрополии: митрополит или его представители должны были посетить все монастыри и соборные церкви, навести в них порядок, опираясь на православные каноны и обычаи, проверить соответствие всех священно- и церковнослужителей их должности и сану и удалить негодных, решить все судебные дела. Король Сигизмунд II оказал Ионе поддержку и разослал соответствующие грамоты представителям королевской администрации. Исследователям известна грамота от 23 декабря 1568 г. луцкому и брацлавскому старосте князю Богушу Корецкому о неприкосновенности святительских и духовных судов и о содействии митрополиту при проведении визитации на территории староства. Исследователя неизвестно, был ли этот план осуществлён. В сентябре 1568 г. Иона ещё титуловался наречённым митрополитом, к декабрю этого года был возведён на митрополичью кафедру. Во исполнение своих обещаний митрополиту 15 февраля 1569 г. Сигизмунд II отнял виленский во имя Святой Троицы мужской монастырь у нежелавшего принимать духовный сан пана Ф. Белькевича и передал обитель Ионе. Однако ещё в 1568 г. король выдал номинационную грамоту на Пинскую епархию И.Я. Борзобогатому-Красенскому, который не принимал сан и, оставаясь мирянином, вскоре занял Луцкую кафедру. Иона неоднократно обращался к И.Я. Борзобогатому-Красенскому с посланиями, в октябре 1570 г. издал окружное послание с «неблагословением», что вынудило И.Я. Борзобогатого-Красенского в 1571 г. принять хиротонию. Митрополиту не удалось заставить принять сан шляхтича Андрея Русина-Берестецкого, которому король передал Пинскую кафедру в 1568 г. и который несколько лет считался наречённым епископом Пинским, но так и умер в 1572 г. мирянином. Король выполнил просьбу Ионы в отношении компенсации владений новогрудских церквей: из королевских земель замка было выделено 20 волок пашни, по 40 моргов сенокоса и леса, а в городе – дома и огороды для духовенства. Все эти участки были переданы митрополиту, чтобы он распределил их между духовными лицами. Сигизмунд II поддержал Иону в борьбе с виленскими горожанами – патронами виленских церквей за контроль над церковным имуществом. Король приказал отобрать у «виленских панов» документы, принадлежавшие митрополии, и дважды присылал письма городским властям, запрещая им судить и облагать городскими налогами людей, живущих на церковной земле и пользующихся церковным иммунитетом.