Две просьбы Ионы касались важнейших условий существования православного духовенства в Польше и Литве. Иона просил, чтобы в обоих государствах церковные должности не передавались людям светским; если же кто из мирян получит церковную должность и в течение трёх месяцев не примет духовный сан, то архиереи могли бы отбирать у него «достоинства и хлебы духовные» и передавать другому лицу. Король согласился, но уточнил, что у тех, кто не захотят принять духовный сан, должность будет отбирать не митрополит или другой епископ, но король, который передаст её кандидату по своему выбору. Иона также высказал пожелание, чтобы православные архиереи имели в сенате «место и голос» наравне с католическими епископами «по обычаю наших предков архиепископов». Просьба митрополита была связана с тем, что на Гродненском сейме король фактически отменил дискриминационные решения Городельского сейма относительно православных и подтвердил равенство прав православной и католической шляхты, провозглашённое в 1563 г. Однако католические власти не были заинтересованы в установлении фактического равенства православных с католиками, и король отложил решение вопроса о представительстве православных архиереев в органах власти «на инший час». Иона также ходатайствовал о возвращении присвоенного посторонними лицами церковного имущества, на что король согласился, потребовав список таких имений. Митрополит просил запретить светским лицам вмешиваться в духовные дела и суды, и король обещал оповестить соответствующих должностных лиц. Кроме того, Иона требовал, чтобы дела по церковным имениям не разбирались в замковых и земских судах, а передавались на суд королю как верховному патрону церкви. Король возразил, что будет рассматривать дела только об имениях, пожалованных им самим, а в делах по всем другим имениям духовенство будут вызывать в суд, который положен по Литовскому статуту. Кроме того, митрополит ходатайствовал о решении ряда частных проблем, например, о компенсации новогрудским храмам за земельные владения, которые были отняты в результате межевания при строительстве королевского замка. Король потребовал подготовить прошение с описанием истории каждого участка. Иона жаловался на «панов виленских» (светских патронов церкви), которые хранили у себя документы, относившиеся к имуществу Митрополичьей области. Король отказался вмешиваться в этот спор, посоветовав митрополиту решить его через суд. Иона хотел, чтобы все имения православных архиереев и других духовных лиц были описаны и обмерены королевскими эмиссарами и ограждены королевскими грамотами; кроме того, Львовская епархия должна быть возвращена в состав Митрополичьей области.