Отсутствие епископа негативно отразилось на управлении епархией. Проведённая в губернии ревизия 1744 г. выявила в монастырях много «бесхозного» люда, в результате епархии был предъявлен огромный штраф (2415 руб.). Указами от 2 декабря 1745 г. и от 20 марта 1746 г. Иннокентий был вызван в Санкт-Петербург для подробного отчёта о положении дел в епархии, причём выезжать предписывалось «с надлежащим поспешением, на своём коште». 13 августа 1746 г. он простился с иркутской паствой и отправился в далёкий путь. Его сопровождали иеромонах Самуил (Шергин), иеродиакон Вениамин (Скорняков). По пути, спускаясь из Иркутска вниз по реке Ангаре, Иннокентий тяжело заболел, с трудом добрался до Братской Спасской пустыни, откуда с сентября 1746 г. и управлял епархией. Одно из последних представлений Иннокентия в Синод от 14 февраля 1747 г. касалось судьбы ссыльных, за которыми не последовали жёны: архиерей испрашивал дозволения вступать им в повторный брак. Последнее перед кончиной богослужение совершил 12 апреля 1747 г. в Неделю ваий. Завещал Иркутской епархии 3810 руб. 29 коп.; из них: монастырям и насельникам – 1820 руб., церквам – 795 руб., на благотворительные цели – 700 руб., служителям Иркутского архиерейского дома – около 500 руб. После кончины Иннокентия Синод распорядился его тело, «убрав в особливый твёрдый ящик и отвсюду оной на споях утвердив, и сверх того толстым парусинным холстом тот ящик оклеив и засмолив накрепко, чтоб никакой духоты сквозь доски пройти не могло», перевезти в Иркутск и похоронить рядом с могилой Иннокентия (Кульчицкого). Однако «по отдалённости и другим неудобствам», а также по завещанию самого епископа, он был похоронен не в кафедральном городе, а в часовне Братской пустыни. Шесть лет после смерти Иннокентия самая большая в России по территории Иркутская епархия, оставаясь без архиерейского окормления, управлялась консисторией. Прибывший в марте 1754 г. на Иркутскую кафедру Софроний (Кристалевский) посетил могилу Иннокентия, где горячо молился и просил у своего предшественника благословения на служение. В начале 1750 гг. вместо сгоревшей часовни над могилой Иннокентия был возведён деревянный храм во имя Всемилостивого Спаса, освящённый Софронием. После упразднения обители в 1764 г. Спасская церковь в 1776 г. была перенесена в село Большеокинское (современный Братский район). «Беспокровное» захоронение Иннокентия почиталось окрестными жителями. В 1837–1838 г. радением Иркутского епископа Иннокентия (Александрова) на средства почётных граждан Братского острога Петра Салаватова и Михаила Болдакова над погребением был выстроен памятник-часовня с шатром. По инициативе посетившего в январе 1858 г. могилу Иннокентия Иркутского архиепископа Евсевия (Орлинского) часовня была перестроена в деревянный храм (1861 г.). Новая Спасская церковь (1905 г.), поставленная над захоронением Иннокентия, была закрыта решением Братского райисполкома от 4 декабря 1934 г. В ходе строительства Братской ГЭС могила архиерея оказалась в зоне затопления. В конце 1950 гг. архиепископ Иркутский и Читинский Вениамин (Новицкий) поручил благочинному протоиерею Николаю Пономарёву перевезти останки Иннокентия в Иркутск; 1 октября 1960 г. они были преданы земле на общественном кладбище предместья Иркутска Радищево. В 2001 г. в день празднования Покрова Пресвятой Богородицы архиепископом Иркутским и Ангарским Вадимом (Лазебным) останки Иннокентия были торжественно перенесены в иркутский Знаменский монастырь. В 2007 г. Иркутская епархия торжественно отметила 260 лет со дня кончины второго Иркутского архипастыря.