В целом к 1740 гг. Иннокентию удалось добиться увеличения в регионе доли школьного образования среди детей духовенства до 60-65%. Однако после закрытия школы в 1744 г. доля детей духовенства, обучающихся дома, увеличилась. Ситуация вновь изменилась лишь после учреждения в Иркутске семинарии (1779 г.). После прибытия в Иркутск Иннокентий застал обители епархии в крайнем разорении. Штаты монастырей не были полностью укомплектованы, как того требовал «Духовный регламент». Иннокентий принял крайние меры: в 1737 г. и в начале 1740 гг. отрешил от приходов всех вдовых священников, дьяконов и насильственно постриг их в монахи. В 1741 г. в иркутском в честь Вознесения Господня монастыре Иннокентий освятил новую деревянную тёплую церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы (сохранилась). В иркутском в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастыре была возведена надвратная шатровая церковь в честь Преображения Господня (1742–1745 гг.), освящён придел во имя Димитрия Солунского в Знаменском соборе. По инициативе Иннокентия были обновлены постройки в Селенгинском во имя Святой Троицы и Усть-Киренском во имя Святой Троицы монастырях. В якутском Спасском монастыре по его инициативе возведён надвратный храм во имя Иоанна Пророка (1736 г.), проведены другие строительные работы. Иннокентий ходатайствовал перед Синодом об организации в этой обители богадельни для престарелых крещённых якутов (Российский государственный исторический архив). В пострадавшей от пожара приписной Покровской пустыни на берегу реки Лена Иннокентий возобновил храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В двух верстах от Вознесенской обители близ Жилкинской заимки основал архиерейское подворье, освятил домовую церковь во имя мученика Иустина Философа. Иннокентий реорганизовал систему епархиального управления, в 1744–1746 гг. упразднил Иркутский архиерейский приказ, функции которого стали исполнять два новых административных органа: архиерейский дом и духовная консистория. Архиерейский дом занимался управлением владениями епископа и его обслуживанием, а консистория ведала делами церковного управления. Иннокентий установил жёсткий контроль за финансовой деятельностью приходов, пресекал злоупотребления церковных старост, которые раньше «всем достоянием церквей заведовали, никому не давая отчёта, а если и давали, то за одним своим подписом без ведома священника». Распоряжением Иннокентия приходо-расходные книги выдавались из архиерейского приказа «за его скрепою»; у старосты хранился ключ от церковной казны, а у настоятеля – печать. Отчёты о деятельности приходов предоставлялись за подписью не только старост, но и священников («Иркутские епархиальные вести»). В случае неисполнения предписаний епископ принимал решительные меры. Так, в мае 1735 г. Иннокентий отлучил от церкви старосту Богоявленского собора И. Гранина, который не доплатил в Вознесенский монастырь за приобретённые там кирпич, известь и бутовый камень 149 руб. К началу 1740 гг. контроль за состоянием церковной казны окончательно перешёл к епархиальным властям. Прихожанам же объявлялись «во всенародное известие» итоги проводимых проверок. С 1740 г. Иннокентий способствовал устроению казённых ботов в отдалённых населённых пунктах Сибири, в том числе в вотчине Посольского монастыря в деревне Исток.