При архиепископе Вениамине оформилось деление управляемой им территории на пять благочиннических округов: первый и второй Иркутские, Якутский, Хабаровский и Приморский, которое сохранялось до середины 1980 гг. 13 июля 1958 г. в Иркутске состоялось торжество по случаю 40-летия прославления в лике святых Иркутского епископа Софрония, на которое прибыл Новосибирский и Барнаульский митрополит Нестор (Анисимов). В 1960 г. архиепископ Вениамин направил двух священнослужителей в Братск для поиска останков Иркутского епископа Иннокентия (Неруновича), погребённого в Братской пустыни, территория которой попадала под затопление в связи со строительством Братской ГЭС. Архиепископ Вениамин добился разрешения властей на перезахоронение останков епископа Иннокентия на городском кладбище, которое прошло 1 октября 1960 г. (14 октября 2001 г. по благословению архиепископа Вадима (Лазебного) захоронение было перенесено в иркутский Знаменский монастырь). В 1977 г. праздновалось 250-летие Иркутской епархии. В 1980 – начале 1990 гг. количество общин в Иркутской и Хабаровской епархиях неуклонно росло. Были открыты приходы: в Иркутской области – Успенский в посёлке Падун (ныне в черте Братска, 1981 г.), в Усть-Илимске, Ангарске, Байкальске, Новом Игирме, Братске, Михайловке, Тайшете, Усть-Куте, Киренске (1990 г.); в Читинской области – в Шилке (1990 г.); в Бурятской АССР – Успенский в Кяхте (1987 г.), Троицкий в Улан-Удэ (1990 г.); в Якутской АССР – в Нерюнгри (1989 г.), в Чульмане, Витиме (1990 г.); в Хабаровском крае – Успенский в Комсомольске-на-Амуре (1981 г.), Петропавловский в Советской Гавани (1981 г.); в Приморском крае – Михаило-Архангельский в Арсеньеве (1981 г.), Христорождественский в Находке (1983 г.), Успенский в Дальнереченске (1985 г.); в Камчатской области – Петропавловский в Петропавловске-Камчатском (1985 г.). Клир Иркутско-Хабаровской епархии состоял из 50 человек в 1961 г., 54 человек в 1971 г., 50 человек в 1980 г. После назначения правящего архиерея на Хабаровскую кафедру штат духовенства Иркутской епархии уменьшился до 31 человека в 1989 г. По инициативе архиепископа Хризостома (Мартишкина; 1984–1990 гг.) в 1989 г. в Иркутске было создано добровольное просветительское общество по возрождению духовности и русской культуры, при котором действовал лекторий. В 1990 г. началось активное возрождение епархиальной жизни. 21 апреля 1994 г. решением Священного Синода в связи с образованием Читинской и Забайкальской епархии Иркутская епархия получила современные название и границы. Современное епархиальное управление включает десять отделов: по благотворительности и милосердию, по взаимодействию с Вооружёнными Силами и правоохранительными учреждениями, по пастырскому окормлению заключённых, по катехизации и религиозному образованию, по реставрации, строительству и архитектурному надзору, по миссионерскому служению, по связям с общественностью, по правовому сотрудничеству, по борьбе с наркоманией и алкоголизмом, по делам молодёжи. В начале 1990 г. в фондах Ярославского историко-архитектурного музея-заповедника были обнаружены мощи Иннокентия (Кульчицкого). 2 сентября 1990 г. они были возвращены в Иркутск, где их торжественно встретили духовенство и верующие; св. мощи были доставлены в иркутский Знаменский монастырь.