В октябре 1960 г. на иркутское Радищевское кладбище были перевезены останки Иркутского епископа Иннокентия (Неруновича), скончавшегося в 1747 г. в Братской Спасской пустыни (территория обители при строительстве Братской ГЭС оказалась в зоне затопления). 14 октября 2001 г. архиепископом Иркутским и Ангарским Вадимом (Лазебным) останки епископа Иннокентия были торжественно перезахоронены у алтаря Казанского придела иркутского Знаменского собора. После 1919 г. начались гонения на насельниц и клириков обители. Согласно летописи Иркутска, в январе 1920 г. Иркутский монастырь был «занят советскими войсками, в числе которых есть монголы, китайцы. Монахинь переместили в какое-то одно из помещений, беженцев перевели в другое место. Ограда монастыря – военный лагерь с пушками, пулемётами, аэропланами. Тихое течение монастырской жизни нарушено». Согласно «Дневнику» (1922–1927 гг.) настоятеля иркутской Знаменской церкви священника Петра Попова, после кончины в марте 1926 г. игуменьи Анатолии в монастыре состоялись выборы новой игуменьи – Рафаилы (Хлыновской; ум. в 1933 г.). Исследователи полагают, что в том же году сёстры зарегистрировались как трудовая артель, до 1928 г. богослужения в храмах совершались ежедневно по монастырскому уставу. В октябре 1928 г. началось выселение сестёр из келий обители. В январе 1929 г. игуменья Рафаила (Хлыновская), монахини Евстолия (Суходольская), А.А. Щёголева и М.М. Потапова были обвинены в том, что девять лет хранили в Иркутском монастыре «боевое знамя» с изображением Георгия Победоносца и Спаса Нерукотворного, вышитое в монастырской мастерской для атамана Григория Михайловича Семёнова в момент предполагавшегося освобождения Иркутска от большевиков. Все сёстры были выселены из монастыря. Хоругвь «Спас нерукотворного Образа» находится в собрании Иркутского областного краеведческого музея. Евангелие, подписанное и подаренное обители Петром I, долгое время прятали в куче угля. Постановлениями президиума городского совета от 11 июля 1934 г. и Сибирского крайисполкома от 17 июля того же года Знаменский храм был закрыт, в нём был устроен рабочий клуб; все иконостасы были сломаны, стены постепенно разрушались. Одновременно рядом с Иркутским монастырём был устроен гидропорт, в 1935 г. на территории обители разместились штаб гидроотряда, мастерские, общежитие. С 1945 г. в отремонтированном Знаменском храме совершаются богослужения, 1 января 1949 г. он получил статус кафедрального собора. Постановлением Совета министров РСФСР от 30 августа 1960 г. комплекс построек Иркутского монастыря был отнесён к памятникам федерального значения. Решением Синода от 26 февраля 1994 г. Иркутский монастырь был возобновлён, 27 сентября 1994 г. в Знаменском соборе состоялся первый монашеский постриг. К 2011 г. на территории обители находились двухэтажный настоятельский корпус (1790, 1854 гг.), в котором располагались Иркутское епархиальное управление, «Чупаловский» келейный корпус (1810–1818), каменная ограда (1794–1797 гг.) с воротами (1855 г.). Среди святынь обители – чтимая храмовая икона Божьей Матери «Знамение» в богатом окладе. В Иркутском монастыре покоятся мощи Иннокентия (Кульчицкого). В 2004 г. в монастырском сквере установлен памятник адмиралу Александру Васильевичу Колчаку (скульптор Вячеслав Михайлович Клыков), который принял смерть неподалёку от стен обители в 1920 г. Монастырь имеет два подворья – в городе Братске и в посёлке Листвянка Иркутской области. В монастыре проживают десять монахинь, восемь инокинь и 20 послушниц.