По некоторым сведениям, придел великомученика Димитрия был устроен в 1740 г. под Знаменской церковью (исследователи полагают, что он мог быть перенесён из двухпрестольной церкви до окончания строительства второго придела мученика Трифона). В 1742–1745 гг. на средства купца Фёдора Щербакова над западными воротами ограды, выходящими к реке Ангаре, была построена и 21 октября 1745 г. освящена в честь Преображения Господня деревянная шатровая церковь. В 1790 г., после пожара (1787 г.), этот храм был упразднён и в 1796 г. разобран. Между 1786 и 1789 гг. была разобрана и Знаменская церковь (1727 г.). В 1757 г. по благословению Софрония (Кpисталевского) на средства иркутского купца Ивана Степановича Бечевина был заложен каменный собор. Главный престол был освящён в честь иконы Божьей Матери «Знамение» (1765? г.), северный в трапезной – во имя Николая Чудотворца (8 мая 1761 г.). Композиция храма традиционная: по оси расположены одноглавый четверик летнего храма, трапезная с боковым зимним приделом и колокольня. Четверик с двумя рядами окон перекрыт восьмилотковым сводом с малым восьмериком в завершении, у основания свода устроены круглые окна. Апсида пятигранная, объём придела в трапезной пространственно не выделен. Трёхъярусная восьмериковая колокольня стоит на низком четверике под куполом со шпилем. Кровли храма и колокольни имеют характерные барочные «вздутия». Многие детали декора (карнизы из язычков и слепых арочек, пилястры с перехватом, филенки с розетками) напоминают кирпичное убранство Крестовоздвиженской (Крестовской) церкви (1747–1760 гг.) и других храмов Иркутска середины XVIII в., построенных, как полагают исследователи, устюжскими мастерами. При этом в монастырской церкви они выглядят проще, порой даже схематично. Формы наличников с завитковыми очельями и полуколонками с перехватом, а также полуколонны на лопатках четверика повторяют те же детали декора иркутского Богоявленского собора (1718–1746 гг.). В то же время эти и некоторые другие формы декора (язычковые карнизы, двухъярусные завитковые наличники, сдвоенные полуколонны, колонки на кронштейнах, филёнки с розетками) и их трактовка имеют параллели в формах устюжских церквей Жён-мироносиц (1714–1722 гг.) и преподобного Сергия в Дымковской слободе (1739–1747 гг.), которые выделяются среди храмов устюжской школы. По мнению исследователей, в строительстве монастырского собора участвовала устюжская артель, возводившая и эти храмы. Позже к трапезной собора с юга пристроили обширный придел в честь Казанской иконы Божьей Матери (22 октября 1787 г.), а с севера к четверику собора – придел в честь Преображения Господня (6 августа 1794 г.), куда был перенесён престол из упразднённой надвратной церкви. Исследователям известны иркутские мастера, выполнившие пятиярусный иконостас собора в барочном стиле: резчик и позолотчик Яков Лебедев и иконописцы Сергей Красовский и Прокопий Игумнов. Иконостас был разрушен в 1930 гг., сохранились лишь царские врата и несколько икон. Но почти в полном виде сохранился иконостас Казанского придела, освящённый 22 октября 1787 г. В XVIII–XIX вв. при Иркутском монастыре проживало несколько так называемых епитимийцев. В обитель ссылали и «государственных преступниц» из Москвы и Санкт-Петербурга, замешанных в дворцовых интригах. Так, в монастыре пребывала дочь опального кабинет-министра Артемия Петровича Волынского.