Его несовершеннолетние дети (Мария, Анна и Пётр) в июле 1740 г., через три дня после казни отца, были отправлены в Сибирь порознь, в особых повозках. 25 ноября 1740 г. Анна была доставлена в Иркутский монастырь и на следующий день приняла постриг с именем Анисия. После кончины в октябре 1740 г. императрицы Анны Иоанновны дети А.П. Волынского получили свободу. Инокиня Анисия была «расстрижена» (впоследствии выслала из Санкт-Петербурга в монастырь «напрестольное Евангелие в богатом окладе, которое, к сожалению, в обители не сохранилось»). В 1804 и 1805 гг. сёстры Иркутского монастыря принимали участие в торжествах, связанных с общецерковным прославлением Иркутского епископа Иннокентия (Кульчицкого). В сентябре 1816 г. игуменья Пульхерия (Саватеева) с 13 насельницами посетила иркутский Вознесенский монастырь, где они поклонились мощам святителя Иннокентия. Но на обратном пути, возвращаясь в лодке по реке Ангаре, игуменья Пульхерия и несколько сестёр утонули. В 1827–1836/1837 гг. Иркутский монастырь возглавляла игуменья Илария (Нечаева), сестра купцов Николая и Петра Басниных. В 1836 г. благодаря поддержке купечества Иркутский архиепископ Михаил (Бурдуков) и игуменья Илария добились от Синода решения о переводе монастыря во второй класс, по штату которого полагалось получать из казны постоянное денежное довольствие на содержание игуменьи, казначеи, 15 монахинь, 15 послушниц и 15 белиц. С 8 февраля 1838 г. Иркутский монастырь возглавляла игуменья Августа (Сибирякова), сестра известного купца Ксенофонта Михайловича Сибирякова. В январе 1853 г. по инициативе некой «чиновницы Вешниковой» в Киеве была выполнена копия чудотворной иконы Успения Пресвятой Богородицы и доставлена в Иркутск, где по благословению архиепископа Нила (Исаковича) помещена в Иркутский монастырь. Образ был украшен серебряной ризой и вставлен в «небольшой резной с позолотой иконостасец». Благодаря купеческим пожертвованиям в Иркутском монастыре продолжалось каменное строительство. В 1810–1818 гг. на средства иркутского купца Николая Семёновича Чупалова к северу от собора был построен одноэтажный каменный корпус, в котором 27 ноября 1818 г. освящена больничная церковь во имя великомученика Димитрия и мученика Трифона. В храме был поставлен иконостас, некогда находившийся в одноимённой деревянной церкви и в 1786 г. временно перенесённый в северную палатку Знаменского собора. В 1830 гг. с запада к собору пристроили крыльцо с двумя палатками, в 1836 г. достроили и переосвятили больничную церковь во имя великомученика Димитрия и мученика Трифона. После перестройки (1851–1854 гг.) на средства иркутского купца первой гильдии Евфимия Андреевича Кузнецова 16 января 1854 г. церковь была освящена во имя святителя Евфимия Новгородского (небесного покровителя ктитора) и в честь иконы Божьей Матери «Споручница грешных». При этом храм передали в ведение женского духовного училища, основанного в 1849 г. рядом с монастырём на средства того же благотворителя. В 1882 г. была проведена реконструкция интерьера Знаменского собора по проекту иркутского архитектора Владислава Андреевича Кудельского. В 1886 г. на средства (50 тыс. руб. серебром) иркутской благотворительницы Александры Никаноровны Портновой (урождённой Трапезниковой) построили большой двухэтажный каменный келейный корпус.