По имени Руфина местность, где был расположен монастырь, стала называться Руфинианы, а сама обитель – монастырём в Руфинианах, – просто Руфинианы, а позднее также и монастырем Ипатия. После убийства Руфина в 395 г. египетские монахи вернулись к себе на родину, и монастырь несколько лет пустовал. Ипатий поселился здесь вместе с монахами Тимофеем и Мосхионом около 400 г. Монастырские постройки находились в запустении. Так, например, зимой часовню, не имевшую кровли, заметало снегом. Первоначально монахи добывали себе средства на пропитание плетением корзин, изготовлением власяниц и возделыванием сада, затем в монастырь стали поступать пожертвования. Постепенно к Ипатию начала собираться братия, однако вскоре между ним и монахом Тимофеем возникли разногласия. Ипатий покинул монастырь и вернулся в Альмирисс. При посредничестве Ионы конфликт был улажен, и около 406 г. Ипатий возвратился в Руфинианский монастырь, настоятелем которого оставался вплоть до кончины. Точная дата рукоположения Ипатия во иерея исследователям неизвестна. В Житии говорится, что он был рукоположён в церкви апостолов Петра и Павла Халкидонским епископом Филофеем. Поскольку Филофей занимал епископскую кафедру в 406–428 гг. или с 405/406 г. и до конца 420 гг. (раньше 431 г.), то Ипатий стал иереем не раньше 405/406 г. Впоследствии придворный Урвикий пожертвовал значительную сумму на перестройку и восстановление часовни и келий монастыря, число насельников в котором достигало 50 челове. Ипатий получил от Бога дар исцеления; он ухаживал за больными, используя вместо лекарства елей, молитву и крестное знамение. Тем, кто пытались его благодарить, он отвечал, чтобы они славили не его, а Бога, истинного Целителя. Он говорил, что исцеление происходит по вере, и что вера помогает молитве. Ипатий стяжал также благодать изгонять бесов. В Житии неоднократно подчёркивается, что он любил бедных («нищелюбец») и старался всегда им помочь. Узнав в видении о грядущем голоде, сделал запасы овощей и зерна и во время этого бедствия кормил до 500 человек ежедневно. Каллиник приводит историю, раскрывающую духовный облик преподобного. Однажды у Ипатия собралось множество людей, требовавших от игумена распоряжений относительно больных, бедных, странников и братии монастыря. Один монах, видя происходящее, спросил, не отвлекают ли эти люди его ум от Бога. Ипатий ответил: «Верю в благодать Божию. И даже если их будет в два раза больше, мой ум пребудет трезвенно обращённым к Богу. Ипатий имел обыкновение затворяться на время Великого поста в небольшой келье и наставлять посетителей сквозь окошко, через которое он получал хлеб раз в два дня.