В 1744 г. в Москве Иосиф принимал активное участие в исправлении славянского перевода Библии. Постановлением Синода от 14 февраля 1744 г. в числе других справщиков ему полагалось «при слушании и исправлении Библии каждый день поутру и пополудни, кроме недельных дней, быть». После отъезда большинства справщиков в Санкт-Петербург в том же году Иосифу и архимандриту Илариону (Григоровичу; впоследствии епископ Крутицкий) поручили продолжить эти труды в Москве. Итогом работы стали 178 тетрадей с исправленным библейским текстом. В Московской епархии Иосиф боролся с ересью христовщины и в мае 1745 г. с этой целью создал епархиальную комиссию во главе с архимандритом Порфирием (Крайским; впоследствии епископ Белгородский). Иосиф заботился о просвещении и миссии среди мордвы в Арзамасском уезде, который входил в состав его епархии (в 1743 г. было крещено 3190 человек; для наставлений новокрещёным и наблюдения за ними Иосиф направил двух священников). Именным указом императрицы Елизаветы Петровны от 16 июля 1744 г. местом пребывания Московского архиерея был определён Чудов в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастырь, с «содержанием его и всякого звания имеющих быть при нём духовных и светских разных чинов и приказных служителей». На время монастырь стал именоваться кафедральным, но Синод не удовлетворил настоятельные предложения Иосифа об удалении проживавших в обители на пропитании отставных офицеров и рядовых. Иосиф был похоронен в монастырской церкви в честь Чуда архистратига Михаила. Позже архимандрит Иларион (Григорович) свидетельствовал перед Синодом, что Иосиф завещал похоронить себя в Новоиерусалимском в честь Воскресения Христова монастыре. 1 июля 1745 г. вышло синодальное определение о перенесении тела архиерея из Чудова в Новоиерусалимский монастырь. Но перезахоронение останков, по мнению исследователей, не состоялось. Согласно описи «оставшихся после смерти предметов», Иосиф располагал обширной библиотекой, в состав которой, в частности, входили Толковая Псалтирь (1685 г.), два Осмогласника (1712 г.), Катехизисы (1722, 1743 гг.), Библия (1726 г.), Часословы (1729, 1742, 1743 гг.), «Симфония на послания апостольские и Апокалипсис» (1737 г.), Ирмологий (1743 г.), а также «Historia de Bello Iudaico» Иосифа Флавия (1511 г.), Толкования на 14 Посланий апостола Павла Феофилакта Болгарского (1543 г.), Толкования на Послания апостола Павла Корнелия а Ляпиде (1754 г.) и др. Определением Синода от 31 января 1750 г. большая часть книг, архиерейские облачения, «кафедра из могилевской ризницы, покрытая зеленым сукном», несколько карманных часов и другое имущество Иосифа были переданы епископу Могилёвскому Иерониму (Волчанскому) и настоятелям белорусских монастырей.