Иосиф был первым епархиальным архиереем Московской епархии, которая до того входила в состав Синодальной области и управлялась Синодом. Архангельский собор Московского Кремля был кафедральным. К весне 1743 г. Иосиф прибыл в Москву. 18 марта того же года был назначен членом Синода и управляющим Московской синодальной конторой. Осуществлял надзор за состоянием дел в епархии через подчинённую ему дикастерию (с июля 1744 г. – консистория). При Иосифе состав дикастерии был расширен, в то же время из неё, а на местах – из духовных правлений были удалены светские чиновники под предлогом, что «духовным персонам от светского судимым и по случающимся делам штрафованным быть весьма неприлично». По поручению Синода Иосиф возглавлял следствия по нескольким делам: «о непорядочных поступках» настоятелей путивльского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря игумена Иоанна (Ястремского) и Возмицкого в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря архимандрита Евфимия, Боровенского Успенского монастыря Калужской губернии игумена Стефана, о земельных конфликтах архимандрита Высоцкого серпуховского монастыря Иосифа с местным купечеством, о «краже пожитков» сержанта Измайловского полка Фаддея Петровича Тютчева, хранившихся в кладовой палате Новодевичьего московского монастыря, и др. 16 декабря 1743 г. Синод поручил Иосифу «самоперсонально произвести освидетельствование» московских церквей, «на восток ли построены в них алтари, нет ли в них икон иностранных кунтштов, а также неискустным мастерством писаных или резных образов». В ведомости от 12 апреля 1745 г., составленной после осмотра храмов, Иосиф свидетельствовал, что «у всех церквей кроме трёх (которые алтарями стоят на полнощь) алтари построены на восток», иконы написаны «по древнему православновосточнныя Церкви обычаю и престолы одеждою покрыты до полу». При этом во многих храмах обнаружились резные образа Московского митрополита Алексия, Николая Чудотворца, Георгия Победоносца и иконы с «неисправно» написанным «сложением перстов». Архиерей обещал «в сложении перстов неисправность исправить, ветхости починить», а резные образа (кроме Распятия) изъять из московских церквей и передать в один из монастырей, выделив для хранения отдельную палату. Три храма с алтарями, ориентированными на север, Иосиф предложил не перестраивать, а «оставить доколе оные в ветхость придут». 15 июля 1743 г. в Успенском соборе Московского Кремля Иосиф приветствовал императрицу Елизавету Петровну, отслужил благодарственный молебен и произнёс проповедь по поводу заключения мира со Швецией и окончания Русско-шведской войны.