Когда Мелетий (Смотрицкий) приехал в Киев и остановился в Михайловском монастыре, туда прибыл Иов с епископами и священниками и предложил ему покаяться и отказаться от «Апологии...», и тогда участники Собора приняли бы его в общение. После богослужения в день Успения Пресвятой Богородицы Мелетий (Смотрицкий) публично отрёкся от «Апологии...». Вырванные из сочинения листы поджигали свечами и, бросив на пол, топтали ногами. Как видно из протестации, написанной позднее Мелетием (Смотрицким), его сочинение резко осудили духовные и светские участники Собора, пришедшие на Собор казаки. На следующем заседании, 16 августа, была составлена и скреплена подписями окружная грамота, в которой митрополит и епископы заявляли, что они не думали о переходе в унию и остаются верными православию, и призывали народ хранить свою веру. Как полагают исследователи, не без участия Мелетия (Смотрицкого), который позднее открыто перешёл в унию, стали распространяться слухи, что на Соборе его взгляды порицали только священники. Тогда Иов и другие архиереи подписали 24 августа ещё одну грамоту, в которой утверждали, что и митрополит, и епископы участвовали в публичном осуждении «Апологии...». Вскоре после окончания Собора была предпринята новая попытка «примирения» церквей, которая исходила от православных и униатских послов на сеймах. На эту тему «бывала... меж собою... на многих сеймах приватная мова». На сейме 1629 г. ряд православных послов во главе с Лаврентием Древинским подготовили проект сеймовой конституции, предусматривавший определённую процедуру решения этого вопроса. Предполагалось, что сейм примет решение о созыве общего Собора православных и униатов «для успокоения», которому будут предшествовать отдельные Соборы каждой из сторон. Принятые на Соборе приемлемые для обеих сторон решения затем должны быть утверждены сеймом. Сейм не успел принять эту конституцию, и была достигнута договорённость, что решение сейма будет заменено королевским универсалом. Однако в универсал были внесены два важных изменения по сравнению с первоначальным проектом: указания на то, что общий Собор созывается для присоединения православных к католической церкви и что решения этого Собора должны быть представлены не сейму, а королю. Общий Собор должен был собраться 28 октября 1629 г. в Львове. Отдельные Соборы предполагалось провести 9 июля: униатский во Владимире, православный в Киеве. В апреле 1629 г. Иов разослал грамоты с приглашением в Киев на Собор.