На момент вступления Иакова на кафедру в Якутской епархии было не более 200 церквей и часовен, несколько народных школ Министерства народного просвещения, Якутская прогимназия с малограмотными народными учителями, около сотни священников, посещающих отдалённые приходы один или два раза в год для исправления треб. В течение шести лет его архиерейского служения были открыты Якутская духовная семинария (1884 г.), миссионерская школа (1885 г.), епархиальное женское училище (1888 г.), образовано 18 церковно-приходских школ, построено шесть церквей. В 1886 г. в Якутске была открыта первая в крае бесплатная публичная библиотека. С 1887 г. начался выпуск «Якутских епархиальных ведомостей». Архиерей лично проводил внебогослужебные беседы среди населения. С 1884 по 1889 гг. ежегодно объезжал епархию, проехал около 9 тыс. вёрст. Незадолго до кончины, 21 мая 1889 г., совершил последнюю в своей жизни литургию. Погребён в склепе под деревянной церковью Спасского монастыря в Якутске. Награждён орденами св. Анны третьей степени (30 июня 1867 г.), второй степени (3 апреля 1873 г.), орденом св. Владимира четвёртой степени (27 марта 1877 г.). По воспоминаниям современников, Иаков отличался аскетическим образом жизни и любовью к научной работе: в кабинете Иакова всегда видели за письменным столом с пером или книгой в руках. Написал сочинение «Русское проповедничество, исторический его обзор и взгляд на современное его направление» (СПб., 1871 г.), в котором обобщил личный опыт преподавания словесности и гомилетики. В истории проповедничества в России выделял три периода: греко-русский (XI–XVII вв.), период подражания латинскому проповедничеству (XVII–XVIII вв.), период самостоятельного русского проповедничества (XVIII–XIX вв.). Этот труд стал первой попыткой систематизации материала по этой теме. Исследователи отмечают, что по причине обширности источников изложение местами отличалось поверхностностью, были допущены ошибки. В «Историческом очерке русского проповедничества» (СПб., 1878 г.) Иаков в сравнении с первым трудом более подробно и аргументировано описал историю «греко-русского проповедничества». Исследование Иакова «О недостатках современного проповедничества в его теории и практике» напечатано не было, местонахождение его в архивах на 2009 г. было неизвестно. В декабре 1999 г. при проведении ремонтно-строительных работ на территории Якутского государственного музея истории и культуры народов Севера имени Емельяна Михайловича Ярославского (бывший Спасский монастырь) были обнаружены нетленные останки Иакова. Вместе с ними были обретены нетленными его облачение, крест, Евангелие, митра и разрешительная молитва. С согласия руководства музея Якутский и Ленский епископ Герман (Моралин; впоследствии архиепископ) в канун Пасхи 2000 г. перенёс останки архиерея в Никольский храм города Якутска.