В семинарии у И.П. Домского сложились дружественные отношения с ректором архимандритом Вениамином (Благонравовым; впоследствии архиепископ). 17 июня 1860 г. по благословению Томского архиепископа Парфения (Попова) и согласно решению правления духовной семинарии И.П. Домский был назначен членом Комитета по составлению церковно-исторического и статистического описания Томской епархии. С архиепископом Парфением И.П. Домского связывали близкие духовные отношения. 8 октября 1860 г. И.П. Домский был пострижен в монашество с наречением имени Иаков в честь апостола Иакова, 10 октября 1860 г. рукоположён во диакона, 11 октября – во иерея. 24 октября того же года за труды в Томской духовной семинарии награждён набедренником. 25 ноября 1861 г. Иаков был переведён инспектором, преподавателем Священного Писания и других богословских дисциплин в Иркутскую духовную семинарию. Также был цензором проповедей, произносимых духовенством города Иркутска. 30 апреля 1865 г. «за отличную и ревностную службу» был возведён в сан архимандрита. Исполнял должность ректора Иркутской духовной семинарии с 3 сентября 1866 г. по 23 мая 1867 г., с 12 марта по 1 сентября 1868 г. – ректор духовной семинарии. С 1868 г. был цензором «Иркутских епархиальных ведомостей». С 1 января 1868 г. по 15 августа 1870 г. – член строительного Комитета по исправлению здания Иркутского духовного училища. В октябре 1870 г. был назначен исполняющим обязанности ректора Якутской духовной семинарии и духовного училища, которые после пожара были переведены (3 октября 1870 г.) вместе с воспитанниками в город Благовещенск. По воспоминаниям ученика Иакова священника Н. Верещагина, Иаков прибыл в Благовещенск в конце 1871 г. Приезд Иакова вызвал большой интерес в городском обществе, т.к. он был «первым архимандритом на Амуре с высшим образованием». Преподавал теорию и историю литературы и Священное Писание в классах словесности, философии и богословия. Составил инструкцию по поведению для учащихся, сам наблюдал за учениками, посещая семинарию по ночам, «особенно преследовал нетрезвость и табакокурение»; был внимателен к нуждам своих подопечных. Иакову удалось привлечь новых образованных преподавателей, изменив в лучшую сторону учебный процесс в семинарии. Заботясь об улучшении семинарского хозяйства, он привлекал благотворителей, благодаря которым удалось отремонтировать семинарский дом, построить большое деревянное здание со столовой и приобрести дом для эконома семинарии. Благовещенской духовной семинарии помогал нерчинский купец Михаил Дмитрвич Бутин и др., перечислявшие деньги и жертвовавшие книги для семинарской библиотеки.