В 1871 г. семинарию посетил начальник Пекинской духовной миссии архимандрит Палладий (Кафаров). Иаков договорился с ним о проведении во время каникул экскурсий для старших воспитанников в Китай с целью изучения маньчжурского языка. В июле 1872 г. вместе с хором воспитанников Благовещенской духовной семинарии Иаков принимал участие в деятельности Японской духовной миссии. Вместе с епископом Вениамином (Благонравовым) он совершил путешествие в Японию, посетил город Хакодате. Здесь Иаков встретился с архиепископом Николаем (Касаткиным). 29 августа 1872 г. в храме при русском консульстве была совершена первая литургия по архиерейскому чину в Японии, семинарский хор часть песнопений исполнил на японском языке. Во время песнопения «Тебе поём» произошло небольшое землетрясение, которое произвело большое впечатление на молящихся. По просьбе Иакова семинаристы вели путевые заметки, неоднократно публиковавшиеся в «Иркутских епархиальных ведомостях». Также были собраны некоторые материалы о японских народных и религиозных традициях. Семинаристы нашли «чучела особенно замечательных птиц, зверей и рыб, растения и произведения морского царства, искусства, живописи, окаменелые вещества, минералы и т.п. Особенно богатым оказался отдел нумизматический». В Иркутске из этих экспонатов была составлена первая музейная коллекция. Студенты Благовещенской духовной семинарии также проходили практику в Русской духовной миссии в Китае. В 1873 г. часть выпускников семинарии в священническом и диаконском сане были направлены Камчатским епископом Павлом (Поповым) в Японскую духовную миссию. Из личных средств Иаков пожертвовал 1,3 тыс. руб. на нужды Палестинского православного общества. 25 мая 1872 г. Иаков защитил магистерскую диссертацию в Санкт-Петербургской духовной академии на тему «Исторический очерк русского проповедничества и взгляд на современное его направление». В 1878 г. был переведён на должность ректора Пермской духовной семинарии. Епископ Пермский и Верхотурский Вассиан (Чудновский) видел в нём своего преемника. В 1882 г. Иаков был вызван в Санкт-Петербург на чреду священнослужения и проповеди, что в церковном обиходе обычно называлось «смотринами». В 1883 г., приехав в столицу, он получил известие о кончине епископа Вассиана и по решению Святейшего Синода был назначен настоятелем переславль-залесского Данилова во имя Святой Троицы мужского монастыря. 16 декабря 1883 г. определением Святейшего Синода Иаков был назначен епископом Якутским и Вилюйским. 8 января 1884 г. в Успенском соборе Московского Кремля Иаков был хиротонисан во епископа. В марте прибыл в город Якутск. Предпринимал активные меры по улучшению религиозно-нравственного состояния местного населения.