Изучив состояние обителей, он решил, что для духовного возрождения русских монастырей необходимо организовать их внутреннюю жизнь в соответствии с уставами Кирилла Белозерского и Нила Сорского. В отзыве о готовившейся реформе общежительных монастырей, поданном им в Новгородскую духовную консисторию, Иаков предлагал брать с настоятелей письменное обязательство, что они будут соблюдать устав преподобного Кирилла и «Предание» преподобного Нила (Российский государственный архив древних актов). Иаков заботился о просвещении окрестного населения и занимался благотворительностью. В предисловии к книге «Пастырь по отношению к себе и пастве» писал: «Поднятие нравственного и умственного уровня народа – вот та громадная задача, в решении которой наше духовенство по званию своему должно принять самое деятельное участие». В 1880 г. был избран почётным попечителем Кирилловского духовного училища. На собственные средства содержал несколько учеников училища, в разное время снабжал деньгами тех, кто отправлялись учиться в духовную семинарию. Богомольцам в обители бесплатно раздавали книги. 12 января 1893 г. в монастыре была торжественно открыта церковноприходская школа. Благословляя детей иконой Кирилла Белозерского, Иаков говорил: «Веру имейте, какую имел преподобный». За свой счёт приобретал для школы учебники и письменные принадлежности. Первое время ученикам выдавали бесплатно хлеб на завтрак, а в праздники – булки, впоследствии для учеников в городе устроили бесплатную столовую, на покупку провизии для которой настоятель тратил около 300 руб. из личных сбережений. Ученики обеспечивались также обувью и одеждой. Следуя примеру настоятеля, братия монастыря приняла решение выделять из братских сумм 30–40 руб. в месяц для раздачи нищим. Кирилловский архимандрит оплачивал лекарства, которые раздавали неимущим в монастырской аптеке. В быту Иаков придерживался строгой нестяжательности. Иногда архимандриту, отдавшему всё до последней копейки просителям, не на что было купить чаю, и он занимал его у своего келейника. После его кончины остались клобук, две рясы и шуба, «лишние» подрясник и рясу он сохранил как подарок Можайского епископа Тихона (Никанорова). Пастырская и просветительная деятельность Иакова была отмечена наградами: он получил благодарность великой княжны Марии Александровны за поднесение ей своих сочинений (10 февраля 1862 г.), орден св. Анны второй степени, украшенный императорской короной (10 марта 1866 г.), орден св. Владимира третьей степени (16 апреля 1872 г.), знак Красного Креста (13 марта 1879 г.), золотой наперсный крест с драгоценными камнями (17 апреля 1882 г.). Иаков был талантливым церковным писателем, живо интересовался русской историей. В 1875 г. впервые опубликовал Житие Кирилла Белозерского, в 1880 г. – «Извлечения из архивных книг и дел Кирилло-Белозерского монастыря».