Получил благодарность императора за пожертвование в пользу морских чинов, потерявших имущество в Севастополе во время Крымской войны 1853–1856 гг., и памятный бронзовый крест на владимирской ленте. С 19 марта 1857 г. – настоятель Кириллова Новоезерского в честь Воскресения Господня монастыря на Красном острове в Белозерском уезде. Здесь Иаков организовал больницу, в которой на излечении находилось десять монахов, а также получали необходимую помощь все приходившие богомольцы. С присущей ему принципиальностью новый настоятель взялся за установление монастырского порядка в жизни братии, основной недостаток которой видел в злоупотреблениях вином. Иаков запретил белозерскому земскому исправнику и управляющему белозерской акцизно-откупной компанией размещать на Красном острове так называемые выставки, где торговали вином во время местных ярмарок, чем нажил себе немало недоброжелателей. Тогдашний благочинный белозерских монастырей кирилловский архимандрит Феофан вступился за «древний» обычай проводить ярмарки около обителей, он писал Иакову: «Вы отказом своим учиняете урон и казне и вверенному Вам монастырю». Иакову удалось только отодвинуть размещение «выставок» на пять вёрст от стен монастыря (Российский государственный архив древних актов). Иаков стал настоятелем Кириллова Белозерского монастыря 10 января 1866 г. В преддверии 500-летнего юбилея древней обители под руководством Иакова начались ремонтные и реставрационные работы, перестраивались иконостасы, были систематизированы старый монастырский архив и библиотека. Но главное, к чему стремился Иаков, – это восстановить в обители дух истинного монашества. В первые дни первой и Страстной седмиц Великого поста ворота монастыря закрывались для мирян, настоятель вкушал лишь одну просфору в день. На протяжении многих лет Иаков добивался вывода с территории монастыря духовного училища и уездной тюрьмы, находившихся здесь с XVIII в. На строительство нового здания для училища он пожертвовал кирпичи и большую сумму денег. Иаков вёл дневник, в котором записывал все нарушения устава, допущенные братией, а по ночам посещал кельи иноков, как это делали древние игумены. Неодобрительно относился к хождениям братии по кельям. «Не вернётся монах в келью таким, каким он вышел из нее», – говорил он инокам. Сам никогда не употреблявший вина, Иаков строго запретил приносить его в обитель. При нём прекратились праздничные угощения с вином в кельях настоятеля, в трапезной – «водочные порции братии», за монастырские стены был выведен винный склад, который сдавался в аренду (раньше размещался в башнях обители). Много времени и внимания Иаков уделял монастырям, входившим в его благочиние, – Моденскому, Ниловой Сорской пустыни и др.