Распоряжением Илиодора чудотворный Кошарский крест, по преданию вывезенный с Афона и к 1832 г. хранившийся в каменной часовне села Архангельского Белгородского уезда, был перенесён в белгородский Николаевский монастырь (ныне крест хранится в Крестовоздвиженском храме Белгорода). Илиодор был почётным членом конференции Казанской духовной академии (с 1844 г.), членом секретной комиссии по делам о раскольниках и об отступниках от православия (с 1847 г.). Вёл активную миссионерскую работу среди униатских священнослужителей, сосланных в Курск из Западного края в 1839 г., содействовал им в принятии православия. При поддержке курского губернатора М.Н. Муравьёва добился в 1837 г. массового перехода рыльских старообрядцев (около 350 человек) во главе с городским головой купцом Шелиховым в единоверие и преобразования старообрядческой часовни (1826 г.) в саду Шелихова в единоверческую церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В 1846–1848 гг., во время эпидемии холеры, по благословению Илиодора были проведены крестные ходы с Курской Коренной и другими чтимыми иконами епархии. Особо отличившийся в «холерном усмирении» протоиерей Иоанн Истомин был награждён орденом св. Анны третьей степени. Во время Крымской войны (1853–1856 гг.) Илиодор благословил курское ополчение иконой Божьей Матери «Знамение», которая хранилась в Знаменском соборе (1826 г.) одноимённого монастыря. После войны знамена дружин курского ополчения были принесены в Сергиево-Казанский собор. При Илиодоре в епархии было построено множество церквей (около сотни из них только на территории современной Белгородской области), в том числе Михаило-Архангельский (1844 г.) в Белгороде, в честь иконы Божьей Матери «Новодворская» (1836 г.) в курском во имя Святой Троицы монастыре, Глинской пустыни. В 1845 г. Илиодор стал настоятелем Троицкой обители, хотя, переехав в кафедральный город, в Белгороде бывал редко, фактически обителью управляли наместники. Учредил больницы при всех женских монастырях Курской епархии, жертвовал для этого собственные средства. По инициативе Илиодора в 1859 г. в городе Грайворон была поставлена часовня в память Белгородского  святителя Иоасафа (Горленко). При Илиодоре архиерейский хор, состоявший из воспитанников духовных училищ и семинарии, выступал в кафедральном и других соборах Санкт-Петербурга. С особым уважением Илиодор относился к подвижникам Глинской в честь Рождества Пресвятой пустыни. Сохранилось донесение Илиодора в Синод о том, что в Глинскую пустынь «принимаются люди только твёрдые в обете и нравственности; посему и избрание на служение в другие монастыри, не требуя предварительного согласия настоятеля, всегда падает на иноков Глинской пустыни».