15 ноября 1944 г. при поддержке французских интеллектуальных кругов был открыт Французский православный институт святого Дионисия в Париже, первым ректором которого был избран Е.Е. Ковалевский. 25 августа 1945 г. во время посещения Парижа Крутицким митрополитом Николаем (Ярушевичем) возведён в сан протоиерея. 21 ноября 1946 г. Патриаршим экзархом в Западной Европе митрополитом Серафимом (Лукьяновым) назначен администратором (благочинным) всех западноправославных приходов РПЦ. 14 июля 1952 г. Священный Синод РПЦ присудил протоиерею Евграфу Ковалевскому одновременно с В.Н. Лосским и Владимиром Николаевичем Ильиным степень доктора богословия honoris causa. 1 ноября того же года он совершил чин присоединения к православию Оливье Клемана. Несмотря на рост числа западноправославных приходов РПЦ в конце 1940 гг., авторитарные действия и неоправданные финансовые расходы протоиерея Евграфа Ковалевского привели его к конфликту со многими членами братства святителя Фотия, клириками Западноевропейского экзархата и западноправославных приходов. В 1946 г. без ведома священноначалия протоиерей Евграф Ковалевский официально зарегистрировал устав «Французской Православной Церкви», а в 1948 г. – организацию с таким же названием. В начале 1950 гг. он пытался добиться от Священного Синода РПЦ своего рукоположения во епископа, обосновывая это необходимостью развития православной миссии среди французов. Особую критику вызывали осуществляемые им литургические нововведения, что было отмечено в отчёте патриарху Алексию I Орловским и Брянским архиепископом Фотием (Топиро), совершившим поездку во Францию с 10 августа по 25 октября 1946 г.: «Литургическая часть во французских православных приходах оставляет желать много лучшего. В особенности это приходится сказать о протоиерее Евграфе Ковалевском. Он часто не столько служит, сколько импровизирует, и притом не всегда удачно. Это производит неблагоприятное впечатление на молящихся и заставляет сожалеть как об отсутствии устойчивого литургического текста, так и о поверхностном отношении к совершению богослужения по западному обряду». Распространявшаяся протоиереем Евграфом Ковалевским реконструкция галликанской литургии была отрицательно оценена как частью западноправославного клира во главе с архимандритом Дионисием (Шамбо), так и видными литургистами, в том числе Николаем Дмитриевичем Успенским. 17 января 1953 г. Священный Синод РПЦ отстранил протоиерея Евграфа Ковалевского от должности администратора и настоятеля церкви священномученика Иринея, однако тот не подчинился решению Синода и 25 января заявил о выходе из РПЦ вместе с большей частью приходов западного обряда.