Иоанн Шавтели в колофонах «Сирийского хроникона» назван «святым» и «блаженным», который «сотворил ямбы Богоподобные, прекрасные». Из контекста колофонов рукописи становится понятно, что ко времени её создания преподобный уже почил. Вокруг авторства Иоанна Шавтели в отношении «Абдул-Мессии» также ведётся дискуссия. В последней строфе эпилога поэмы «Витязь в тигровой шкуре», созданной современником и последователем Иоанн Шавтели Шота Руставели, авторство приписывается Иоанну Шавтели. Эту точку зрения разделяли Николай Яковлевич Марр, К. Кекелидзе, И. Лолашвили, Е. Метревели. Однако поэма, сохранившаяся в поздних рукописях (XVIII–XIX вв.), претерпела значительные искажения. Её текст был исправлен в XVII–XVIII вв. Иаковом (Якобом; Думбадзе) из монастыря Шемокмеди, посвятившим поэму царю-мученику Арчилу.  На рубеже XVIII–XIX вв. грузинские литературные деятели пытались выявить первичный текст поэмы, особенные усилия к этому приложил Давид Ректор. На сегодняшний день авторский оригинал поэмы Иоанна Шавтели считается утерянным; Б. Дарчия и А. Хинтибидзе полагают, что «Абдул-Мессия» всецело принадлежит Иакову (Думбадзе). Первоначальное посвящение поэмы также вызывает у исследователей споры. По мнению К. Кекелидзе, Ш. Нуцубидзе и др., «Абдул-Мессия» посвящён грузинскому царю Давиду IV Строителю и царице Тамаре; по мнению А. Барамидзе, чья точка зрения является наиболее приоритетной, – царице Тамаре и её супругу Давиду Сослану. И. Лолашвили и Е. Метревели считают, что Иоанн Шавтели написал поэму в связи с победой грузинских войск в Басианской битве. Однако поэма – художественное произведение, и отсутствие в ней конкретных исторических деталей затрудняет для исследователей окончательное разрешение вопросов посвящения, датировки и авторства текста. «Песнь Вардзийской иконе Пресвятой Богородицы» – один из наиболее значительных памятников гимнографической литературы и духовной культуры Грузии. Сохранились восемь песней канона, вторая утеряна. К. Кекелидзе исследовал строфический состав и метрическую структуру песней и отметил ямбической строй канона. Для создания акростиха Иоанн Шавтели искусственно разбил многие строки, таким образом дополнив их число до необходимого. По мнению К. Кекелидзе, Л. Джгамаия и И. Лолашвили, моделью структурно-поэтической формы канона Вардзийской иконе Пресвятой Богородицы послужил для Иоанна Шавтели канон Рождеству Христову, написанный и внесённый в Минею Георгием Святогорцем.