4. Четыре отрывка против четвёртого Вселенского Собора (работа написана, по мнению исследователей, после 553 г.; до наших дней сирийский текст дошёл лишь фрагментарно в «Хронике» Михаила Сирийца). Трактат направлен против Халкидонского собора и дифизитской христологии, имеет полемический характер и контрастирует с умеренным тоном «Арбитра». Целью трактата является обоснование того, что в своих определениях халкидониты пришли к утверждению скрытой ереси Нестория. Пристальное внимание обращается на канонические и церковно-политические вопросы: это, в основном, критические замечания по поводу постановлений Халкидонского собора и обличительных речей против примата Рима. Иоанн Филопон пытается показать, что анафемы Константинопольского собора 553 г. в действительности ниспровергают Халкидонский собор. 5. «Трактат о различии, числе и разделении» (сирийский текст с латинским переводом). Сочинение написано одним из учеников Иоанна Филопона. Однако оно во многом соответствует учению Иоанна Филопона, в частности, исследователи обнаруживают близкие аналогии с сочинением «Арбитр» в вопросе о единении природ и их свойств. Главное внимание в этой работе уделено вопросу об образе соединения природ во Христе и следующим отсюда вопросам несмешанности соединённых природ и их единства. 6. Письмо Юстиниану (сирийский текст с латинским переводом). Многие исследователи относили составление письма к 565 г., но в последнее время эта датировка подвергается сомнению. Причиной написания письма стал вызов в Константинополь к императору Юстиниану. В письме Иоанн Филопон, ссылаясь на преклонный возраст и слабое здоровье, отклоняет приглашение и излагает свою позицию в ответном письме. Письмо имеет целью убедить Юстиниана устранить из церкви учение о «двух природах», а также формулу «в двух природах», чтобы восстановить церковный мир. Утверждение двух природ во Христе, согласно Иоанну Филопону, не приносит церкви единства и противоречит истинному православному учению. Свои тритеитcкие идеи Иоанн Филопон изложил в четырёх поздних работах. 7. «О Троице» и «О богословии» (около 567 г.); сочинения с большой долей вероятности исследователи отождествляют (издание сирийского текста с латинским переводом); ряд фрагментов содержатся также в «Хронике» Михаила Сирийца. Главное тритеитское сочинение Иоанна Филопона написано им уже в старости против Константинопольского патриарха Иоанна Схоластика. По мнению исследователей, трактат можно отождествить с «книжечкой», которая, согласно Константинопольскому патриарху Фотию, была написана как ответ, направленный против вероучительной проповеди Константинопольского патриарха Иоанна Схоластика во времена правления императора Юстина II (565–578 гг.). Поскольку годы патриаршества Иоанна Схоластика (565–577 гг.) совпадают с годами правления Юстина II, то составление сочинения «О Троице» приходится именно на этот период.