Последний кодекс был написан Иоанном Трапезундским за несколько месяцев до смерти: это Стихирарь Германа, митрополита Новых Патр (1771 г.), в котором сохранилась ремарка, что Иоанн протопсалт «упокоился в 1770 году». Певческое наследие Иоанна Трапезундского весьма значительно. Он является автором пяти версий полиелея: «Раби Господа» на первый глас и на четвёртый глас (две версии: с указанием «краткий и всеприятный»), «Слово благо» на четвёртый глас и на первый плагальный (пятый) глас (около XVIII в.). Иоанн Трапезундский также распел девять кратим для полиелея «Раби Господа» Панайотиса Хрисафа Нового на первый глас (восемь для первых стихов полиелея и одну кратиму для заключительной Богородичной матимы того же произведения, 1770–1790 гг., и др.). Ему принадлежит мелос пасапноариев «Хвалите Его ангели и человецы» на первый глас, «Хвалите Его ангели и архангели» на первый глас (в нотации Нового метода, 1816–1820 гг.), «Хвалите Его во страхе и трепете» на второй глас, «Хвалите Его небеса небес» на первый глас (в нотации Нового метода, с названием «большой», 1820–1830 гг.), «Хвалите Его вся яже на небеси» на первый глас (1780–1800 гг.; в нотации Нового метода), «Хвалите Его чини ангельстии» на четвёртый глас (в нотации Нового метода), «Хвалите Его всякое естество ангельское» (в нотации Нового метода). Все пасапноарии Иоанна Трапезундского опубликованы. Другие его песнопения: «Честнейшую херувим» (Российская национальная библиотека, XIX в.), восемь версий великого славословия по гласам (в нотации Нового метода, 1816–1820 гг.; опубликованы гимны первого и четвёртого плагального гласов); входный стих «Приидите поклонимся» на второй глас (1811 г.); воскресные причастны на первый и второй гласы; пять праздничных причастнов «В память вечную» на первый, третий гласы (1815 г.), «Чашу спасения прииму», «Во всю землю» на первый плагальный глас; калофонический ирмос «Детородную деву кто слыша» на третий глас (1779–1793 гг.; в нотации Нового метода, 1825 г.); кратимы для калофонических ирмосов на первый (две версии), третий, четвёртый, первый плагальный гласы и четвёртый плагальный глас (вторая четверть XIX в.); матима преподобному Дионисию Олимпийскому «Ум твой знаками» на четвёртый глас (1790–1793 гг.; с указанием «положено на музыку протопсалтом Иоанном в 1758 г. 18 мая», 1816–1819 гг.); кондак Великого канона «Душе моя, душе моя» на второй плагальный глас (середина XIX в.); осмогласник на Успение Богородицы «Богоначальным мановением» и др.