В 1919–1928 гг. на территории монастыря и скита Иоанна Предтечи действовал музей «Оптина пустынь», находившийся в ведении Главнауки. Директор музея Лидия Васильевна Защук (впоследствии схимонахиня Августа) пыталась сохранить здания, церковные ценности, помогала верующим. Некоторым монахам удалось устроиться сотрудниками музея, работала в нём и духовная дочь Нектария Надежда Александровна Павлович. Весь оптинский архив (в котором объединили библиотеки монастыря и скита Иоанна Предтечи) разместили в здании церкви св. Льва, епископа Катанского, и преподобного Иоанна Рильского. После закрытия музея архив был передан в Государственную библиотеку имени Владимира Ильича Ленина, ныне он размещён в фондах 213 (собственно архив) и 214 (собрание рукописей) Отдела рукописей Российской государственной библиотеки. Отдельные документы рассеяны по разным собраниям. Братия скита Иоанна Предтечи переехала в Козельск, где центром общины стала Георгиевская церковь, и в окрестные сёла. В 1937–1938 гг. из скитской братии были расстреляны архимандрит Иоанникий (Дмитриев), монах Евтихий (Диденко), игумен Спиридон (Елагин), иеромонахи Арсений (Мельников), Геронтий (Ермаков), Осия (Виноградов), Пантелеимон (Шибанов). Иеромонах Игнатий (Даланов) умер в 1942 г. в Темниковском исправительно-трудовом лагере. По мнению исследователей, последним из бывших насельников скита Иоанна Предтечи стал схиигумен Павел (Драчев), скитский садовник, который умер в 1981 г. в селе Черкассы Тульской области. В 1931 г. в стенах Оптиной пустыни открылся дом отдыха имени Максима Горького. В 1939–1941 гг. на территории обители располагался концлагерь НКВД, куда после начала Второй мировой войны привезли польских офицеров. В октябре-декабре 1941 г. Козельск и Оптина пустынь были заняты немцами. Во время войны здесь разместили эвакуационный госпиталь (1941–1943 гг.), а затем обитель стала местом дислокации танкового батальона и пехотного полка. Позже в скитских келейных корпусах, в том числе в «хибарке» старцев, располагались жилые комнаты, а также сельская школа. Благодаря усилиям директора Козельского краеведческого музея Василия Николаевича Сорокина в 1967 г. в скиту Иоанна Предтечи открылся литературный отдел музея. Экспозиция была посвящена Льву Николаевичу Толстому, братьям Киреевским, Николаю Васильевичу Гоголю, Фёдору Михайловичу Достоевскому.