Иеромонах Леонид составлял исторические описания отдельно Оптиной пустыни и скита Иоанна Предтечи. В первом издании (1847 г.) было две части, объединённые общим названием; во втором издании (1862 г.) – два произведения с разными названиями. После смерти автора, в 1899–1908 гг., по благословению преподобного Иосифа готовилось третье, исправленное и дополненное издание исторического описания скита Иоанна Предтечи, но оно не было завершено. Другие авторы, писавшие об Оптиной пустыни, не отделяли её историю от истории скита Иоанна Предтечи. 26 октября 1917 г. в скиту Иоанна Предтечи было решено принять меры по защите от «грозящих разбойнических нападений»: усилить караул, допускать посторонних на территорию скита Иоанна Предтечи как можно реже, раньше запирать ворота и т.д. 29 октября после литургии было совершено соборное молебствие о защите скита его небесным покровителям – св. Бесплотным силам и св. Иоанну Предтече. Во исполнение декрета СНК от 23 января 1918 г. «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» монастырь и скит Иоанна Предтечи были официально закрыты. 25 февраля того же года в скит Иоанна Предтечи явились четыре красногвардейца, осмотрели храмы в поисках золота и серебра, а также колокольню, где ожидали найти пулемёт. После составления описи церковного имущества, в том числе богослужебных сосудов и икон, они удалились. На следующий день братия скита Иоанна Предтечи отслужила молебен и освятила храмы и святыни. 4 марта, в Прощёное воскресенье, чин прощения был проведён не в монастыре, а в скиту Иоанна Предтечи, т.к. нельзя было оставлять его без братии. Община смогла продолжить существование в официально закрытой Оптиной пустыни под видом сельскохозяйственной артели, службы велись преимущественно в Казанском соборе монастыря. В 1923 г. артель была ликвидирована, а оставшихся монашествующих выселили. Последний скитоначальник Нектарий был арестован в том же году, после выхода из тюрьмы жил в Брянской губернии, сначала в селе Плохине (ныне Ульяново Калужской области), затем в селе Холмищи (ныне Калужской области), где умер в 1928 г.