Вскоре («мало же по такой любви пожив») Игнатий скончался. Житие сообщает о чуде по его преставлении, свидетелями которого были многие: «Велик свет сниде на нь с небесе, яко и страх нападе на вся, и тако взиде, радуяся, на небеса, свершив течение добре о Господе Бозе. И вси въпросим милости от Бога, да помилует ны по милости Своей, яко дарова святителя таковаго граду сему» («Библиотека литературы древней Руси»). Валентин Лаврентьевич  Янин отождествил не названного по имени Смоленского епископа, упомянутого в ряде летописей под 1206 (6714) г. в связи с погребением Марии Шварновны, с Лазарем, на основании чего счёл возможным отнести управление Игнатием Смоленской епархией ко времени не Мстислава Романовича, а Мстислава Ростиславича (1175–1178 гг.). При этом исследователь не придал значения сообщению Троицкой и Симеоновской летописей, в котором Смоленский епископ назван Игнатием. Кроме того, в Житии Авраамия в связи с судом над преподобным упоминается священник Михайловской (Свирской) церкви Лука Прусин, а эта княжеская церковь была возведена, как полагают исследователи, в 1191–1194 гг., во всяком случае, не ранее 1180 г. Время кончины Игнатия исследователям неизвестно, они не сомневаются лишь в том, что его преемник Лазарь оставил Смоленскую кафедру около 1219 г. Указание на это содержится в послании Владимиро-Суздальского епископа Симона киевскому черноризцу Поликарпу в Киево-Печерском патерике: «Пишет же ми княгини Ростиславляя Верхуслава, хотя тя поставити епископом или Новугороду на Онтониево место, или Смоленску на Лазарево место, или Юрьеву на Алексеево место». Поскольку архиепископ Антоний был смещён с Новгородской кафедры осенью 1218 г. (Симон умер в 1226 г., поэтому он не мог иметь в виду вторичное оставление Антонием кафедры в 1228 г.), приблизительно в то же время Смоленская кафедра также была вакантной. Архиепископ Димитрий (Самбикин) писал, что мощи Игнатия почивают под спудом в кафедральном Успенском соборе Смоленска, однако это не более чем предположение. Согласно Василию Васильевичу Зверинскому, в конце XIX в. мощи Игнатия почивали в основанном им Авраамиевом монастыре, однако в достоверности этого сообщения исследователи сомневаются (так, В.В. Зверинский приводит ошибочные сведения о сохранности в монастыре мощей преподобных Авраамия и Ефрема, в то время как местонахождение мощей после разорения обители в 1611 г. остаётся неизвестным). Характеристика Игнатия в Житии Авраамия как «святого», «преподобного», «блаженного» («воистинну святу и преподобну и к Богу тако подвизався, от уности потрудився и до самоя седины великаго священичьства... святитель великый Игнатий града Смоленьска» – «Библиотека литературы древней Руси», том 5) даёт основание для утверждения о начале местного почитания святителя вскоре после его смерти, по крайней мере, в Авраамиевом монастыре.