В связи с трудностью исполнения послушания благочинного в ведении Игнатия Санкт-Петербургский митрополит Исидор оставил только Череменецкий во имя апостола Иоанна Богослова монастырь. Почти не покидал Троицкую пустынь, только в сентябре-октябре 1881 г. совершил поездку в Москву, в Троице-Сергиеву лавру, на свою родину и в Николо-Бабаевский монастырь, где был похоронен Игнатий (Брянчанинов). В том же году в Санкт-Петербурге было опубликовано «Жизнеописание епископа Игнатия Брянчанинова», основной вклад в подготовку которого внёс Игнатий (Малышев). При Игнатии Троицкая пустынь стала одним из центров связи РПЦ с южными славянами. Здесь принимали изгнанников-сербов, в том числе архимандрита Савву (Косановича; впоследствии митрополит Дабро-Босанский), митрополита Сербского Михаила, архимандрита Дутича. Игнатий пожертвовал в храм города Босна-Сарай (ныне Сараево, Босния и Герцеговина, 1876 г.) иконостас, написанный проживавшим при монастыре художником Колчиным, 73 иконы, образ Сергия Радонежского, запрестольный крест и хоругви. Игнатий получил от князя Черногорского Николы I орден св. Даниила I. В письме сербскому митрополиту Игнатий отмечал: «Не много мы ждём к облегчению участи наших братьев от пресловутой европейской цивилизации, так велегласно проповедующей о гуманности и равнодушно допускающей в недрах своих открытое разбойничество мусульманских фанатиков и душегубство христиан». В 1885 г. Игнатий отслужил соборную панихиду по павшим в братоубийственной войне болгарам и сербам. В июне 1884 г. Игнатий принял в обители делегацию японцев, в беседе с которыми объяснял отличие православия от католичества. Состоял в переписке с абиссинцами и принимал их в монастыре. Иногда его упрекали в излишней строгости. Так, он отказался посетить праздник в честь дня рождения в семье духовных чад, когда узнал, что они в Великий пост пригласили в дом фокусника. В 1859 г. не допустил в церковь имама Шамиля. Известен отзыв Игнатия о лютеранах: «Лютер плохой садовник. Очищая дерева, обрезывая ветви, не приносящие плодов, подрезал и корни дерева. Если он соблазнился на католическую церковь, то следовало ему поискать Церковь, установленную Самим Спасителем нашим». Игнатий, не вынимая за протестантов частиц на проскомидии, однако, служил заупокойные богослужения по инославным, хоронил в обители представителей некоторых лютеранских семей (герцогов Ольденбургских, Штакеншнейдеров, графа Баранова). Был известен выступлениями против учения Льва Николаевича Толстого и пашковцев, против спиритизма как «бесовского наваждения».