29 июля 1884 г. митрополит Санкт-Петербургский Исидор (Никольский) освятил собор в присутствии великой княгини Александры Иосифовны. 22 декабря 1875 г. Игнатий освятил во имя великомученицы Екатерины церковь Собственной Его Императорского Величества канцелярии в память умершей жены шефа жандармов генерал-адъютанта Александра Львовича Потапова. Игнатий составил программу и эскиз собора Воскресения Христова в Санкт-Петербурге на месте смертельного ранения императора Александра II в марте 1881 г. Возможно, о его строительстве шла речь на похоронах принца Петра Георгиевича Ольденбургского в начале мая 1881 г., когда император Александр III впервые после воцарения посетил пустынь и беседовал с архимандритом. В образе храма Игнатий решил воплотить идею мученичества царя-освободителя, уподобив его распятому и воскресшему Христу; Игнатий стремился придать облику собора «духовное и назидательное значение», предлагал также поставить вокруг храма некую постройку – «кремль» с музеем императора Александра II. По преданию, идея храма была явлена Игнатию в тонком сне Пресвятой Богородицей. О своём видении Игнатий рассказал великой княгине Александре Иосифовне, а великая княгиня Екатерина Михайловна посоветовала архимандриту принять участие в конкурсе на постройку. Вместе с архитектором А.А. Парландом Игнатий создавал первоначальный проект храма, который император Александр III предпочёл остальным и окончательно утвердил в 1887 г. По предложению Игнатия (23 апреля 1883) храм получил посвящение в честь Воскресения Христова; Игнатий составил чин закладки собора и обратился с воззванием к жертвователям. Он не имел возможности постоянно наблюдать за постройкой храма из-за преклонного возраста и неотложных дел в пустыни и в 1884 г. вышел из состава строительной комиссии. Однако идеи Игнатия в целом удалось реализовать, несмотря на изменения, внесённые архитекторами Давидом Ивановичем Гриммом и А.А. Парландом. Будучи благочинным монастырей Санкт-Петербургской епархии, Игнатий за короткое время добился устранения трёх настоятелей Зеленецкого во имя Святой Троицы монастыря, но отстоял перед митрополитом игуменью староладожского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря. Много лет Игнатий был попечителем санкт-петербургского Воскресенского Новодевичьего монастыря, постриг в монахини большинство сестёр обители. По инициативе и при участии Игнатия была устроена дочерняя по отношению к Новодевичьему монастырю обитель во имя Марии Магдалины близ мызы Вохоново Царскосельского уезда.